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1 Linux初探，打開(kāi)新世界的大門(mén)

1.1 Linux系統(tǒng)簡(jiǎn)介和目錄理解

1.1.1 為什么要用Linux系統(tǒng)

1.1.2 Linux系統(tǒng)無(wú)處不在

1.1.3 免費(fèi)的Linux系統(tǒng)來(lái)一套

1.1.4 Linux系統(tǒng)登錄-聯(lián)系遠(yuǎn)方的她

1.1.5 初識(shí)Linux系統(tǒng) - 黑夜中的閃爍是你的落腳點(diǎn)

1.1.6 我的電腦在哪？

1.1.7 系統(tǒng)配置怎樣？來(lái)看看256M硬盤(pán)的服務(wù)器

1.1.8 看下目錄下都有什么

1.1.9 新建一個(gè)目錄

1.1.10 訪問(wèn)文件

1.1.11 查看幫助，獲取可用命令行參數(shù)

1.1.12 小結(jié)

1.1.13 做個(gè)小測(cè)試

1.2 Linux下文件操作

1.2.1 文件按行翻轉(zhuǎn)和按列翻轉(zhuǎn)

1.2.2 新建文件的n種方式

1.2.3 文件拷貝、移動(dòng)、重命名、軟鏈

1.2.4 Linux下命令的一些突發(fā)事故

1.2.5 了解和操作你的文件

1.2.6 小結(jié)和練習(xí)

1.3 Linux終端常用快捷操作

1.4 Linux下的標(biāo)準(zhǔn)輸入、輸出、重定向、管道

1.5 Linux文件內(nèi)容操作

1.5.1 命令組合生成文件

1.5.2 文件排序原來(lái)有暗倉(cāng)

1.6 Linux下的查找命令 - 文件哪里跑

1.6.1 命令/可執(zhí)行程序查找 - 定位腳本的位置

1.6.2 locate普通文件快速定位

1.6.3 find讓文件無(wú)處可逃 find

1.6.4 按文件內(nèi)容查找 grep

1.7 一句話加速grep近30倍

1.7.1 獲取單基因表達(dá)量

1.7.2 那如果獲取多個(gè)基因怎么操作呢？

1.8 監(jiān)控程序的運(yùn)行時(shí)間和資源占用

2 Linux下軟件安裝相關(guān)

2.1 文件屬性和可執(zhí)行屬性

2.1.1 文件屬性

2.1.2 可執(zhí)行屬性

2.2 PATH和path，傻傻分不清

2.2.1 小事也不能忽略

2.3 軟件安裝的幾種傳統(tǒng)方式

2.3.1 系統(tǒng)包管理器安裝

2.3.2 下載二進(jìn)制文件

2.3.3 源碼編譯安裝

2.3.4 Python包的安裝

2.3.5 Anaconda的兩個(gè)福利

2.3.6 R和R包的安裝

2.3.7 Perl包的安裝

2.4 Conda安裝配置生物信息軟件

2.4.1 Conda安裝和配置

2.4.2 Conda基本使用

2.4.3 Conda的channel

2.4.4 創(chuàng)建不同的軟件運(yùn)行環(huán)境

2.4.5 移除某個(gè)conda環(huán)境

2.4.6 Conda配置R

2.4.7 Conda環(huán)境簡(jiǎn)化運(yùn)行

2.4.8 Conda環(huán)境備份

2.4.9 Conda環(huán)境導(dǎo)出和導(dǎo)入

2.4.10 Conda軟件安裝 core dump error/Segment fault/段錯(cuò)誤 怎么辦

2.4.11 Conda為什么越來(lái)越慢？

2.4.12 Conda是如何工作的

2.4.13 Conda哪一步慢？

2.4.14 如何提速Conda

2.4.15 下載提速

2.4.16 使用conda-pack直接從已經(jīng)安裝好的地方拷貝一份 (同一操作系統(tǒng))

2.5 Docker安裝

2.5.1 Docker能做什么

2.5.2 Docker的幾個(gè)基本概念

2.5.3 安裝和配置

2.5.4 Docker用戶(hù)權(quán)限

2.5.5 Docker試用

2.5.6 Docker系統(tǒng)基本操作

2.5.7 使用Dockerfile自動(dòng)構(gòu)建鏡像

2.5.8 Docker的特征

2.5.9 Docker使用注意

2.6 Makefile知識(shí)

2.6.1 參考

3 Linux神器

3.1 正則表達(dá)式替換文本隨心所欲

3.2 awk-生信分析不可缺少

3.2.1 awk基本參數(shù)解釋

3.2.2 awk基本常見(jiàn)操作

3.2.3 awk糅合操作 - 命令組合體現(xiàn)魅力

3.3 SED命令 - 文本替換舍我其誰(shuí)

3.3.1 sed基本參數(shù)解釋

3.3.2 常見(jiàn)操作

3.4 VIM的使用

3.4.1 初識(shí)VIM

3.4.2 VIM中使用正則表達(dá)式

3.5 有了這些，文件批量重命名還需要求助其它工具嗎？

3.5.1 簡(jiǎn)單重命名

3.5.2 復(fù)雜重命名

3.6 耗時(shí)很長(zhǎng)的程序忘加nohup就運(yùn)行了怎么辦？

4 Bash 字符串處理

4.1 Bash特殊字符

4.2 Bash變量

4.3 Bash操作符

4.4 Shell中條件和test命令

4.5 Shell流控制

4.6 Shell函數(shù)

4.7 輸入輸出

4.8 命令行處理 命令行處理命令

4.9 進(jìn)程和作業(yè)控制

5 Bioinfo tools

5.1 尋找Cas9的同源基因并進(jìn)行進(jìn)化分析

5.2 如何獲取目標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄因子（上）——biomart下載基因和motif位置信息

5.2.1 1. 文件準(zhǔn)備

5.2.2 2. 什么是bed文件？

5.2.3 3. BioMart數(shù)據(jù)下載

5.3 如何獲取目標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄因子（下）——Linux命令獲取目標(biāo)基因TF

5.3.1 1. 基礎(chǔ)回顧

5.3.2 2. 文件格式處理

5.3.3 3. 計(jì)算基因的啟動(dòng)子區(qū)

5.3.4 4. 取兩文件的交集

5.3.5 5. 提取我們關(guān)注的基因

5.3.6 重點(diǎn)總結(jié)

5.4 emboss的使用

5.5 使用samtools計(jì)算SNP

5.6 Bedtools使用

5.7 SRA toolkit使用

5.8 生信流程開(kāi)發(fā)

5.9 數(shù)據(jù)同步和備份

5.9.1 原創(chuàng)拷貝scp

5.9.2 鏡像備份和增量同步 rsync

5.9.3 增量備份，記錄各個(gè)版本 rdiff-backup

6 生物信息中Linux命令練習(xí)

6.1 統(tǒng)計(jì)GTF文件中染色體數(shù)目？

6.2 統(tǒng)計(jì)GTF文件中基因數(shù)目？

6.3 計(jì)算GTF中外顯子總長(zhǎng)度？

6.4 計(jì)算GTF文件中基因所擁有的平均轉(zhuǎn)錄本數(shù)目

6.5 生成一個(gè)多行Fasta測(cè)試序列供后續(xù)運(yùn)算 (也可使用我們前面提供的腳本生成)

6.6 test.fa中的序列全轉(zhuǎn)成大寫(xiě)

6.7 計(jì)算多行FASTA文件test.fa中每條序列長(zhǎng)度

6.8 多行FASTA轉(zhuǎn)單行FASTA序列

6.9 取出單行FASTA文件中序列長(zhǎng)度大于40的序列的名字

6.10 分別用awk和grep從test.fa中提取給定ID對(duì)應(yīng)的序列

6.11 利用AWK對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化

6.12 寫(xiě)出3種寫(xiě)法，去掉上一題test.expr矩陣中的第一行？

6.13 分別用awk和sed給test.expr矩陣加上標(biāo)題行？

6.14 給定一個(gè)BAM文件，怎么計(jì)算有多少基因組區(qū)域被測(cè)到了？平均測(cè)序深度是多少？

6.15 如何使用bedtools的其它工具或其它Linux命令實(shí)現(xiàn)bedtools jaccard子功能？

6.16 如何基于原始md文檔生成這個(gè)目錄?

http://www.ehbio.com/Bioinfo_bash_course/