CIRCOS增加熱圖、點圖、線圖和區(qū)塊屬性
生物信息學習的正確姿勢
NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、轉(zhuǎn)錄組分析?（Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘（典型醫(yī)學設(shè)計實驗GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內(nèi)容。
CIRCOS圖在有了染色體信息界定繪圖區(qū)域后，就可以向里面添加離散數(shù)據(jù)如標記特定的區(qū)域或連續(xù)數(shù)據(jù)如展示修飾的豐度等。
經(jīng)過前面部分對CIRCOS基本安裝，最簡單繪圖和調(diào)整各部分屬性的熟悉后，這些基本配置都可以寫入單獨的文件，供多次使用，就像下面主配置文件中的include所示。
而我們每次繪圖主要修改的部分就在主配置文件里面，更換下對應圈的文件名、半徑和繪制屬性即可。
main circos configure?
(test.circos.conf)
<>
# # 必須的部分，控制染色體信息顯示
# # 之前兩篇教程為了方便理解ideogram和ticks都是直接寫在主配置文件的
# # 但通常實際使用時會拆分成不同文件，方便管理，所以這里采用了引用方式
# # 具體解釋都見前面的文章
<>
<>
# 定義輸出
<>
file*=test.circos.png
dir*=./
# karyotype定義染色體的名字、ID、起始位置信息，是繪制圖的根本
# 具體解釋看前面2篇文章
karyotype = test.chromsomes.circos_input.txt
# `chromosome_units`定義染色體一個單位的大小，縮寫為`u`。若`chromosome_units=1000000`,
則`10u=10000000`。
# 后面會用到這個單位，尤其是ticks中
chromosomes_units =1000000
chromosomes_display_default = yes
# 大標簽highlights，復數(shù)定義里面有多個highlight
# 高亮的區(qū)域放在 標簽中，配置簡單，給定文件名和內(nèi)外半徑就好
# 文件格式見下面解釋
file=HL1.bed.circos_input.txt
r0=0.914285714286r
r1=0.991428571429r
# 高亮的區(qū)域放在 標簽中，配置簡單，給定文件名和內(nèi)外半徑就好
# 文件格式見下面解釋
file=HL2.bed.circos_input.txt
r0=0.828571428571r
r1=0.905714285714r
# 高亮的區(qū)域放在 標簽中，配置簡單，給定文件名和內(nèi)外半徑就好
# 文件格式見下面解釋
file=HL3.bed.circos_input.txt
r0=0.742857142857r
r1=0.82r
# 定義繪制的線圖、點圖、熱圖、直方圖等，復數(shù)plots
# 全局屬性定義
color = spectral-7-div-rev
stroke_thickness = 1
stroke_color = black
scale_log_base = 0.5
# 其中一個子圖，給定文件名，內(nèi)外半徑，和繪制類型
# 文件格式見下面解釋
file=Heatmap1.bed.circos_input.txt
type=line
r0=0.657142857143r
r1=0.734285714286r
# 其中一個子圖，給定文件名，內(nèi)外半徑，和繪制類型
# 文件格式見下面解釋
file=Heatmap2.bed.circos_input.txt
type=scatter
r0=0.571428571429r
r1=0.648571428571r
# 其中一個子圖，給定文件名，內(nèi)外半徑，和繪制類型
# 文件格式見下面解釋
file=Heatmap3.bed.circos_input.txt
type=histogram
r0=0.485714285714r
r1=0.562857142857r
# 其中一個子圖，給定文件名，內(nèi)外半徑，和繪制類型
# 文件格式見下面解釋
file=Heatmap4.bed.circos_input.txt
type=heatmap
r0=0.4r
r1=0.477142857143r
<>
max_points_per_track* ?= ?2500000
data_out_of_range* = trim 下面看下文件格式的要求
test.chromsomes.circos_input.txt
##chr - ID LABEL START END COLOR
chr - chr1 hs1 0 248956422 chr1
chr - chr2 hs2 0 242193529 chr2
chr - chr3 hs3 0 198295559 chr3
chr - chr4 hs4 0 190214555 chr4
chr - chr5 hs5 0 181538259 chr5高亮文件的格式一致，選其中一個做例子 HL1.bed.circos_input.txt
#ParentID ? ?START ? ?END ? ?ATTRIBUTE
#ParentID對應于karyotype文件的ID（第3列)
#ATTRIBUTE列顏色的獲取看前面兩篇的介紹以獲知有多少可用顏色
chr1 0 6422000 fill_color=vlyellow
chr1 12447822 24895644 fill_color=vlpred
chr1 136926042 149373864 fill_color=vlppurple
chr1 236508618 248956422 fill_color=vlporange
chr2 0 2421000 fill_color=vlpred
chr2 36329031 48438708 fill_color=vlpgreen
chr2 193754832 205864509 fill_color=vlpred
chr2 133206447 145316124 fill_color=vlyellow
chr3 59488668 69403446 fill_color=vlpred
chr3 128892114 138806892 fill_color=vlpblue
chr3 1800000 198295559 fill_color=vlpred
chr4 0 2145550 fill_color=vlpgreen
chr4 95107280 104618008 fill_color=vlpblue
chr4 133150192 142660920 fill_color=vlppurple
chr4 190000000 190214555 fill_color=vlpgreen
chr5 0 1538259 fill_color=vlpblue
chr5 27230739 36307652 fill_color=vvlpgreen
chr5 72615304 81692217 fill_color=vvlyellow
chr5 127076782 136153695 fill_color=vvlporange
chr5 15382590 15392590 fill_color=vlpblue數(shù)值文件格式也一致，只是給定不同的type繪制不同屬性的圖，如線圖、熱圖等。
Heatmap1.bed.circos_input.txt
#ParentID ? ?START ? ?END ? ?Value
#ParentID對應于karyotype文件的ID (第3列)
#Value列為我們想展示的值
chr1 0 12447822 1
chr1 12447822 24895644 2
chr1 211612974 224060796 18
chr1 224060796 236508618 19
chr1 236508618 248956422 20
chr2 0 12109677 1
chr2 12109677 24219354 2
chr2 24219354 36329031 3
chr2 36329031 48438708 4
chr2 48438708 60548385 5
chr2 205864509 217974186 18
chr2 217974186 230083863 19
chr2 230083863 242193529 20
chr3 0 9914778 1
chr3 9914778 19829556 2
chr3 19829556 29744334 3
chr3 29744334 39659112 4
chr3 39659112 49573890 5
chr4 0 9510728 1
chr4 9510728 19021456 2
chr4 19021456 28532184 3
chr4 28532184 38042912 4
chr4 133150192 142660920 15
chr4 171193104 180703832 19
chr4 180703832 190214555 20
chr5 0 9076913 1
chr5 9076913 18153826 2
chr5 18153826 27230739 3
chr5 154307521 163384434 18
chr5 163384434 172461347 19
chr5 172461347 181538259 20所有文件都準備好之后，運行circos -conf test.circos.conf就可以獲得test.circos.svg和test.circos.png兩幅圖了。
如果有屬性不理解或還需修改屬性，請參考前兩篇及前兩篇提供的屬性修改文檔方便查找。
后臺回復circos，可獲取本次的配置文章和測試數(shù)據(jù)，直接體驗出圖。
往期精品(點擊圖片直達文字對應教程)
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