ChIP-seq基本分析流程

前年在中科院做培訓時，整理了一套ChIP-seq分析流程，截選實戰(zhàn)部分，略作修改，分享出來，希望大家指正。

那次培訓內容比較雜，還有關于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等數據庫的使用, 前面已經分享過，鏈接如下：

• UCSC XENA - 集大成者(TCGA,  ICGC)

• ICGC數據庫使用

• TCGA數據庫在線使用

下面步入正題，這套流程從ChIP-實驗、測序注意事項、測序深度，到分析整體流程，再到每一步如序列比對，富集效率評估、熱圖、峰圖可視化，deeptools2使用、peak calling和motif分析等。

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