如何進行深度學(xué)習(xí)代碼單元測試?
作者:Tilman Krokotsch
編譯:ronghuaiyang
轉(zhuǎn)自:AI公園
非常詳細的介紹并演示了如何將單元測試用于深度學(xué)習(xí),讓你的代碼更加可信。
深度學(xué)習(xí)是一門很難評估代碼正確性的學(xué)科。隨機初始化、龐大的數(shù)據(jù)集和權(quán)重的有限可解釋性意味著,要找到模型為什么不能訓(xùn)練的確切問題,大多數(shù)時候都需要反復(fù)試驗。在傳統(tǒng)的軟件開發(fā)中,自動化單元測試是確定代碼是否完成預(yù)期任務(wù)的面包和黃油。它幫助開發(fā)人員信任他們的代碼,并在引入更改時更加自信。一個破壞性的更改將會被單元測試檢測到。
從GitHub上許多研究庫的情況來看,深度學(xué)習(xí)的實踐者們還不喜歡這種方法。從業(yè)者不知道他們的代碼是否正常工作,他們能接受嗎?通常,由于上述三個原因,學(xué)習(xí)系統(tǒng)的每個組件的預(yù)期行為并不容易定義。然而,我相信實踐者和研究人員應(yīng)該重新考慮他們對單元測試的厭惡,因為它可以幫助研究過程更加順利。你只需要學(xué)習(xí)如何信任你的代碼。
顯然,我不是第一個,也不是最后一個談?wù)撚糜谏疃葘W(xué)習(xí)的單元測試的人。如果你對這個話題感興趣,你可以看看這里:
A Recipe for Training Neural Networks by Andrej Karpathy How to Unit Test Deep Learning by Sergios Karagiannakos
這篇文章的靈感來自于上面提到的,可能還有很多我現(xiàn)在想不起來的。為了在討論中增加一些內(nèi)容,我們將重點關(guān)注如何編寫可重用的單元測試,這樣就可以“不去自己重復(fù)自己“。
我們的例子將測試用PyTorch編寫的系統(tǒng)的組件,該系統(tǒng)在MNIST 上訓(xùn)練可變自動編碼器(VAE)。你可以在github.com/tilman151/unittest_dl上找到本文中的所有代碼。
什么是單元測試?
如果您熟悉單元測試,可以跳過此部分。對于其他人,我們將看到Python中的單元測試是什么樣子的。為了簡單起見,我們將使用內(nèi)置的包unittest,而不是其他花哨的包。
一般來說,單元測試的目的是檢查代碼是否正確地運行。通常(我也為此感到內(nèi)疚很長一段時間),你會看到這樣的東西在一個文件的結(jié)尾:
if?__name__?==?'main':
????net?=?Network()
????x?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????y?=?net(x)
????print(y.shape)
如果直接執(zhí)行該文件,則代碼片段將構(gòu)建一個網(wǎng)絡(luò),執(zhí)行前向傳遞并打印輸出的形狀。這樣,我們就可以看到向前傳播是否會拋出錯誤,以及輸出的形狀是否可信。如果將代碼分發(fā)到不同的文件中,則必須手動運行每個文件,并檢查打印到控制臺的內(nèi)容。更糟糕的是,這個代碼片段有時會在運行后被刪除,當有變化時被重寫。
原則上,這已經(jīng)是一個基本的單元測試。我們所要做的就是將它形式化一點,使它能夠輕松地自動運行。它看起來是這樣的:
import?unittest
class?MyFirstTest(unittest.TestCase):
????def?test_shape(self):
????????net?=?Network()
????????x?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????????y?=?net(x)
????????self.assertEqual(torch.Size((10,)),?y.shape)
unittest包的主要組件是類TestCase。單個單元測試是TestCase子類的成員函數(shù)。在我們的例子中,包將自動檢測類MyFirstTest并運行函數(shù)'test_shape。如果滿足assertEqual調(diào)用的條件,則測試成功。否則,或者如果它崩潰,測試將失敗。
我需要測試些什么?
現(xiàn)在我們已經(jīng)了解了單元測試是如何工作的,下一個問題是我們應(yīng)該測試什么。下面你可以看到我們的例子的代碼結(jié)構(gòu):
|-?src
???|-?dataset.py
???|-?model.py
???|-?trainer.py
???|-?run.py
我們將測試每個文件中的功能除了run.py,因為它只是我們程序的入口點。
Dataset
我們在例子中使用的數(shù)據(jù)集是torchvisionMNIST類。因此,我們可以假設(shè)像加載圖像和訓(xùn)練/測試分割這樣的基本功能可以正常工作。然而,MNIST類為配置提供了充足的機會,因此我們應(yīng)該測試是否正確配置了所有內(nèi)容。dataset.py文件包含一個名為MyMNIST的類,它有兩個成員變量。成員train_data有torchvisionMNIST類的一個實例,該實例被配置為加載數(shù)據(jù)的訓(xùn)練部分,而test_data 中的實例加載測試部分。兩種方法都將每幅圖像每邊填充2個像素,并將像素值歸一化在[- 1,1]之間。此外,train_data 對每個圖像應(yīng)用隨機旋轉(zhuǎn)來增強數(shù)據(jù)。
數(shù)據(jù)的形狀
為了繼續(xù)使用上面的代碼片段,我們將首先測試數(shù)據(jù)集是否輸出了我們想要的形狀。圖像的填充意味著,它們現(xiàn)在的大小應(yīng)該是32x32像素。我們的測試看起來是這樣的:
def?test_shape(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????sample,?_?=?dataset.train_data[0]
????self.assertEqual(torch.Shape((1,?32,?32)),?sample.shape)
現(xiàn)在我們可以確定我們的padding是我們想要的。這可能看起來很瑣碎,你們中的一些人可能會認為我在測試這個方面很迂腐,但是我不知道我有多少次因為我搞不清楚填充函數(shù)是如何工作的而導(dǎo)致了形狀錯誤。像這樣的簡單測試編寫起來很快,并且可以為你以后省去許多麻煩。
數(shù)據(jù)的縮放
我們配置的下一件事是數(shù)據(jù)的縮放。在我們的例子中,這非常簡單。我們希望確保每個圖像的像素值在[- 1,1]之間。與之前的測試相反,我們將對數(shù)據(jù)集中的所有圖像運行測試。通過這種方式,我們可以確定我們關(guān)于如何縮放數(shù)據(jù)的假設(shè)對于整個數(shù)據(jù)集是有效的。
def?test_scaling(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????for?sample,?_?in?dataset.train_data:
????????self.assertGreaterEqual(1,?sample.max())
????????self.assertLessEqual(-1,?sample.min())
????????self.assertTrue(torch.any(sample?0))
????????self.assertTrue(torch.any(sample?>?0))
如你所見,我們不僅要測試每個圖像的最大值和最小值是否在范圍內(nèi)。我們還通過斷言測試是否存在大于零和小于零的值,我們將值縮放到[0,1]。這個測試之所以有效,是因為我們可以假設(shè)MNIST中的每個圖像都覆蓋了整個范圍的值。對于更復(fù)雜的數(shù)據(jù),比如自然圖像,我們需要一個更復(fù)雜的測試條件。如果你的縮放基于數(shù)據(jù)的統(tǒng)計信息,那么測試一下是否只使用訓(xùn)練部分來計算這些統(tǒng)計信息也是一個好主意。
數(shù)據(jù)增強
增加訓(xùn)練數(shù)據(jù)可以極大地幫助提高模型的性能,特別是在數(shù)據(jù)量有限的情況下。另一方面,我們不會增加我們的測試數(shù)據(jù),因為我們想要保持我們的模型的評估確定性。這意味著,我們應(yīng)該測試我們的訓(xùn)練數(shù)據(jù)是否增加了,而我們的測試數(shù)據(jù)沒有。敏銳的讀者會在這一點上注意到一些重要的東西。到目前為止,我們的測試只涵蓋了訓(xùn)練數(shù)據(jù)。這是需要強調(diào)的一點:
始終在訓(xùn)練和測試數(shù)據(jù)上運行測試
僅僅因為你的代碼在數(shù)據(jù)的一個部分上工作,并不能保證在另一個部分上不存在未檢測到的bug。對于數(shù)據(jù)增強,我們甚至希望為每個部分斷言代碼的不同行為。
對于我們的增強問題,一個簡單的測試現(xiàn)在是加載一個樣本兩次,然后檢查兩個版本是否相等。簡單的解決方案是為我們的每一個部分寫一個測試函數(shù):
def?test_augmentation_active_train_data(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????are_same?=?[]
????for?i?in?range(len(dataset.train_data)):
????????sample_1,?_?=?dataset.train_data[i]
????????sample_2,?_?=?dataset.train_data[i]
????????are_same.append(0?==?torch.sum(sample_1?-?sample_2))
????self.assertTrue(not?all(are_same))
def?test_augmentation_inactive_test_data(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????are_same?=?[]
????for?i?in?range(len(dataset.test_data)):
????????sample_1,?_?=?dataset.test_data[i]
????????sample_2,?_?=?dataset.test_data[i]
????????are_same.append(0?==?torch.sum(sample_1?-?sample_2))
????self.assertTrue(all(are_same))
這些函數(shù)測試我們想要測試的內(nèi)容,但是,正如你所看到的,它們幾乎就是重復(fù)的。這有兩個主要的缺點。首先,如果在測試中需要更改某些內(nèi)容,我們必須記住在兩個函數(shù)中都要更改。其次,如果我們想添加另一個部分,例如一個驗證部分,我們將不得不第三次復(fù)制測試。要解決這個問題,我們應(yīng)該將測試功能提取到一個單獨的函數(shù)中,然后由真正的測試函數(shù)調(diào)用兩次。重構(gòu)后的測試看起來像這樣:
def?test_augmentation(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????self._check_augmentation(dataset.train_data,?active=True)
????self._check_augmentation(dataset.test_data,?active=False)
def?_check_augmentation(self,?data,?active):
????are_same?=?[]
????for?i?in?range(len(data)):
????????sample_1,?_?=?data[i]
????????sample_2,?_?=?data[i]
????????are_same.append(0?==?torch.sum(sample_1?-?sample_2))
????if?active:
????????self.assertTrue(not?all(are_same))
????else:
????????self.assertTrue(all(are_same))
_check_augmentation函數(shù)斷言給定的數(shù)據(jù)集是否進行了增強,并有效地刪除代碼中的重復(fù)。函數(shù)本身不會由unittest包自動運行,因為它不是以test_開頭的。因為我們的測試函數(shù)現(xiàn)在真的很短,我們把它們合并成一個組合函數(shù)。它們測試了增強是如何工作的這一單一的概念,因此應(yīng)該屬于相同的測試函數(shù)。但是,通過這個組合,我們引入了另一個問題。如果測試失敗了,現(xiàn)在很難直接看到哪一個部分失敗了。這個包只告訴我們組合函數(shù)的名稱。進入subTest函數(shù)。TestCase類有一個成員函數(shù)subTest,它可以在一個測試函數(shù)中標記不同的測試組件。這樣,包就可以準確地告訴我們測試的哪一部分失敗了。最后的函數(shù)是這樣的:
def?test_augmentation(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????with?self.subTest(split='train'):
????????self._check_augmentation(dataset.train_data,?active=True)
????with?self.subTest(split='test'):
????????self._check_augmentation(dataset.test_data,?active=False)
現(xiàn)在我們有了一個無重復(fù)、精確定位、可重用的測試功能。我們在此所使用的核心原則可以應(yīng)用到我們在前面幾節(jié)中編寫的所有其他單元測試中。你可以在附帶的存儲庫中看到結(jié)果測試。
數(shù)據(jù)的加載
數(shù)據(jù)集的最后一種類型的單元測試與我們的例子并不完全相關(guān),因為我們使用的是內(nèi)置數(shù)據(jù)集。無論如何我們都會把它包括進來,因為它涵蓋了我們學(xué)習(xí)系統(tǒng)的一個重要部分。通常,你將在dataloader類中使用數(shù)據(jù)集,該類處理批處理并可以并行化加載。因此,測試你的數(shù)據(jù)集在單進程和多進程模式下是否與dataloader一起工作是一個好主意。考慮到我們所學(xué)到的增強測試,測試函數(shù)如下所示:
def?test_single_process_dataloader(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????with?self.subTest(split='train'):
????????self._check_dataloader(dataset.train_data,?num_workers=0)
????with?self.subTest(split='test'):
????????self._check_dataloader(dataset.test_data,?num_workers=0)
def?test_multi_process_dataloader(self):
????dataset?=?MyMNIST()
????with?self.subTest(split='train'):
????????self._check_dataloader(dataset.train_data,?num_workers=2)
????with?self.subTest(split='test'):
????????self._check_dataloader(dataset.test_data,?num_workers=2)
def?_check_dataloader(self,?data,?num_workers):
????loader?=?DataLoader(data,?batch_size=4,?num_workers=num_workers)
????for?_?in?loader:
????????pass
函數(shù)_check_dataloader不會對加載的數(shù)據(jù)進行任何測試。我們只是想檢查加載過程是否沒有拋出錯誤。理論上,ni 也可以檢查諸如正確的批大小或填充的序列數(shù)據(jù)的不同長度。因為我們?yōu)閐ataloader使用了最基本的配置,所以可以省略這些檢查。
同樣,這個測試可能看起來瑣碎而沒有必要,但是讓我給你一個例子,在這個簡單的檢查中節(jié)省了我的時間。這個項目需要從pandas的dataframes中加載序列數(shù)據(jù),并從這些datafames上的滑動窗口中構(gòu)造樣本。我們的數(shù)據(jù)集太大了,無法裝入內(nèi)存,所以我們必須按需加載數(shù)據(jù)模型,并從中剪切出所請求的序列。為了提高加載速度,我們決定用一個LRU cache來緩存一些數(shù)據(jù)文件。它在我們早期的單進程實驗中如預(yù)期的那樣工作,因此我們決定將它包含在代碼庫中。結(jié)果是,這個緩存不能很好地用于多進程,但是我們的單元測試提前發(fā)現(xiàn)了這個問題。在使用多進程時,我們停用了緩存,避免了以后出現(xiàn)令人不快的意外。
最后要注意的
有些人可能已經(jīng)在我們的單元測試中看到了另一個重復(fù)的模式。每個測試對訓(xùn)練數(shù)據(jù)運行一次,對測試數(shù)據(jù)運行一次,產(chǎn)生相同的四行代碼:
with?self.subTest(split='train'):
????self._check_something(dataset.train_data)
with?self.subTest(split='test'):
????self._check_dataloader(dataset.test_data)
也完全有理由消除這種重復(fù)。不幸的是,這將涉及到創(chuàng)建一個高階函數(shù),以函數(shù)_check_something作為參數(shù)。有時,例如對于增強測試,我們還需要向_check_something函數(shù)傳遞額外的參數(shù)。最后,所需的編程構(gòu)造將引入更多的復(fù)雜性,并模糊要測試的概念。一般的規(guī)則是,為了可讀性和可重用性,讓你的測試代碼盡可能在需要的范圍內(nèi)變復(fù)雜。
Model
模型可以說是學(xué)習(xí)系統(tǒng)的核心組件,通常需要是完全可配置的。這意味著,還有很多東西需要測試。幸運的是,PyTorch中用于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的API非常簡潔,大多數(shù)實踐者都非常嚴格地使用它。這使得為模型編寫可重用的單元測試相當容易。
我們的模型是一個簡單的VAE,由一個全連接的編碼器和解碼器組成。前向函數(shù)接受輸入圖像,對其進行編碼,執(zhí)行重新參數(shù)化操作,然后將隱編碼解碼為圖像。雖然相對簡單,但這種變換可以演示幾個值得進行單元測試的方面。
模型的輸出形狀
我們在本文開頭看到的第一段代碼是幾乎每個人都要做的測試。我們也已經(jīng)知道這個測試是如何寫成單元測試的。我們要做的唯一一件事就是添加要測試的正確形狀。對于一個自動編碼器,就簡單的判斷和輸入的形狀是否相同:
@torch.nograd()
def?test_shape(self):
????net?=?model.MLPVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
????inputs?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????outputs?=?net(x)
????self.assertEqual(inputs.shape,?outputs.shape)
同樣,這很簡單,但有助于找到一些最惱人的bug。例如,在將模型輸出從拉平的表示中reshape時忘記添加通道維度。
我們最后增加的測試是torch.nograd 。它告訴PyTorch這個函數(shù)不需要記錄梯度,并給我們一個小的加速。對于每個測試來說,它可能不是很多,但是你永遠不知道需要編寫多少。同樣,這是另一個可引用的單元測試智慧:
讓你的測試更快。否則,沒有人會想要運行它們。
單元測試應(yīng)該在開發(fā)期間非常頻繁地運行。如果你的測試運行時間很長,那么你可以跳過它們。
模型的移動
在CPU上訓(xùn)練深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)在大多數(shù)時候都非常慢。這就是為什么我們使用GPU來加速它。為此,我們所有的模型參數(shù)必須駐留在GPU上。因此,我們應(yīng)該斷言我們的模型可以在設(shè)備(CPU和多個GPU)之間正確地移動。
我們可以用一個常見的錯誤來說明我們的例子VAE中的問題。這里你可以看到bottleneck函數(shù),執(zhí)行重新參數(shù)化的技巧:
def?bottleneck(self,?mu,?log_sigma):
????noise?=?torch.randn(mu.shape)
????latent_code?=?log_sigma.exp()?*?noise?+?mu
????return?latent_code
它取隱先驗的參數(shù),從標準高斯分布中采樣一個噪聲張量,并使用參數(shù)對其進行變換。這在CPU上運行沒有問題,但當模型移動到GPU時失敗。問題是噪音張量是在CPU內(nèi)存中創(chuàng)建的,因為它是默認的,并沒有移動到模型所在的設(shè)備上。一個簡單的錯誤和一個簡單的解決方案。我們用noise = torch.randn_like(mu)替換了這行有問題的代碼。這就產(chǎn)生了一個與張量mu相同形狀和在相同設(shè)備上的噪聲張量。
幫助我們盡早捕獲這些bug的測試:
@torch.no_grad()
@unittest.skipUnless(torch.cuda.is_available(),?'No?GPU?was?detected')
def?test_device_moving(self):
????net?=?model.MLPVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
????net_on_gpu?=?net.to('cuda:0')
????net_back_on_cpu?=?net_on_gpu.cpu()
????
????inputs?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????torch.manual_seed(42)
????outputs_cpu?=?net(inputs)
????torch.manual_seed(42)
????outputs_gpu?=?net_on_gpu(inputs.to('cuda:0'))
????torch.manual_seed(42)
????outputs_back_on_cpu?=?net_back_on_cpu(inputs)
????self.assertAlmostEqual(0.,?torch.sum(outputs_cpu?-?outputs_gpu.cpu()))
????self.assertAlmostEqual(0.,?torch.sum(outputs_cpu?-?outputs_back_on_cpu))
我們把網(wǎng)絡(luò)從一個CPU移動到另一個CPU,然后再移動回來,只是為了確保正確。現(xiàn)在我們有了網(wǎng)絡(luò)的三份拷貝(移動網(wǎng)絡(luò)復(fù)制了它們),并使用相同的輸入張量向前傳遞。如果網(wǎng)絡(luò)被正確移動,前向傳遞應(yīng)該在不拋出錯誤的情況下運行,并且每次產(chǎn)生相同的輸出。
為了運行這個測試,我們顯然需要一個GPU,但也許我們想在筆記本電腦上做一些快速測試。如果PyTorch沒有檢測到GPU,unittest.skipUnless 可以跳過測試。這樣可以避免將測試結(jié)果與失敗的測試混淆。
你還可以看到,我們在每次通過之前固定了torch的隨機種子。我們必須這樣做,因為VAEs是非確定性的,否則我們會得到不同的結(jié)果。這說明了深度學(xué)習(xí)代碼單元測試的另一個重要概念:
在測試中控制隨機性。
如果你不能確保你的模型能到邊界情況,你如何測試你的模型的一個罕見邊界條件?如何確保模型的輸出是確定性的?你如何知道一個失敗的測試是由于隨機的偶然還是由于你引入的bug ?通過手動設(shè)置深度學(xué)習(xí)框架的種子,可以消除函數(shù)中的隨機性。此外,還應(yīng)該將CuDNN設(shè)置為確定性模式。這主要影響卷積,但無論如何是一個好主意。
注意確定正在使用的所有框架的種子。Numpy和內(nèi)置的Python隨機數(shù)生成器有它們自己的種子,必須分別設(shè)置。有一個這樣的函數(shù)是很有用的:
def?make_deterministic(seed=42):
????#?PyTorch
????torch.manual_seed(seed)
????if?torch.cuda.is_available():
????????torch.backends.cudnn.deterministic?=?True
????????torch.backends.cudnn.benchmark?=?False
????
????#?Numpy
????np.random.seed(seed)
????
????#?Built-in?Python
????random.seed(seed)
模型得到采樣獨立性
在99。99%的情況下,你都想用隨機梯度下降的方式來訓(xùn)練你的模型。你給你的模型一個minibatch的樣本,并計算他們的平均損失。批量處理訓(xùn)練樣本假設(shè)你的模型可以處理每個樣本,也就是你可以獨立的把樣本喂給模型。換句話說,你的batch中的樣本在你的模型處理時不會相互影響。這個假設(shè)是很脆弱的,如果在一個錯誤的張量維度上進行錯誤的reshape或aggregation,就會打破這個假設(shè)。
下面的測試通過執(zhí)行與輸入相關(guān)的前向和后向傳遞來檢查樣本的獨立性。在對這個batch做平均損失之前,我們把損失乘以零。如果我們的模型保持樣本獨立性,這將導(dǎo)致一個零梯度。唯一的事情,我們必須斷言,如果只有masked的樣本梯度是零:
def?test_batch_independence(self):
????inputs?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????inputs.requires_grad?=?True
????net?=?model.MLPVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
????#?Compute?forward?pass?in?eval?mode?to?deactivate?batch?norm
????net.eval()
????outputs?=?net(inputs)
????net.train()
????#?Mask?loss?for?certain?samples?in?batch
????batch_size?=?inputs[0].shape[0]
????mask_idx?=?torch.randint(0,?batch_size,?())
????mask?=?torch.ones_like(outputs)
????mask[mask_idx]?=?0
????outputs?=?outputs?*?mask
????#?Compute?backward?pass
????loss?=?outputs.mean()
????loss.backward()
????#?Check?if?gradient?exists?and?is?zero?for?masked?samples
????for?i,?grad?in?enumerate(inputs.grad):
????????if?i?==?mask_idx:
????????????self.assertTrue(torch.all(grad?==?0).item())
????????else:
????????????self.assertTrue(not?torch.all(grad?==?0))
如果你準確地閱讀了代碼片段,你會注意到我們將模型設(shè)置為evaluation模式。這是因為batch normalization違反了我們上面的假設(shè)。進程均值和標準差的處理交叉污染了我們batch中的樣本,所以我們通過evaluation模式停止了對樣本的更新。我們可以這樣做,因為我們的模型在訓(xùn)練和評估模式中表現(xiàn)相同。如果你的模型不是這樣的,你將不得不找到另一種方法來禁用它進行測試。一個選項是用instance normalization臨時替換它。
上面的測試函數(shù)非常通用,可以按原樣復(fù)制。例外情況是,如果你的模型接受多個輸入。處理這個問題的附加代碼是必要的。
模型的參數(shù)更新
下一個測試也與梯度有關(guān)。當你的網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)變得更加復(fù)雜時,比如初始化,很容易構(gòu)建死子圖。死子圖是網(wǎng)絡(luò)中包含可學(xué)習(xí)參數(shù)的一部分,前向傳遞、后向傳遞或兩者都不使用。這就像在構(gòu)造函數(shù)中構(gòu)建一個網(wǎng)絡(luò)層,然后忘記在forward函數(shù)中應(yīng)用它一樣簡單。
找到這些死子圖可以通過運行優(yōu)化步驟并檢查梯度你的網(wǎng)絡(luò)參數(shù):
def?test_all_parameters_updated(self):
????net?=?model.MLPVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
????optim?=?torch.optim.SGD(net.parameters(),?lr=0.1)
????outputs?=?net(torch.randn(4,?1,?32,?32))
????loss?=?outputs.mean()
????loss.backward()
????optim.step()
????for?param_name,?param?in?self.net.named_parameters():
????????if?param.requires_grad:
????????????with?self.subTest(name=param_name):
????????????????self.assertIsNotNone(param.grad)
????????????????self.assertNotEqual(0.,?torch.sum(param.grad?**?2))
參數(shù)函數(shù)返回的模型的所有參數(shù)在優(yōu)化步驟后都應(yīng)該有一個梯度張量。此外,對于我們所使用的損失,它不應(yīng)該是零。測試假設(shè)模型中的所有參數(shù)都需要梯度。即使是那些不應(yīng)該被更新的參數(shù)也會首先檢查requires_grad標志。如果任何參數(shù)在測試中失敗,子測試的名稱將提示你在哪里查找。
提高重用性
現(xiàn)在我們已經(jīng)寫出了模型的所有測試,我們可以將它們作為一個整體進行分析。我們將注意到這些測試有兩個共同點。所有測試都從創(chuàng)建模型和定義示例輸入批處理開始。與以往一樣,這種冗余級別有可能導(dǎo)致拼寫錯誤和不一致。此外,你不希望在更改模型的構(gòu)造函數(shù)時分別更新每個測試。
幸運的是,unittest為我們提供了一個簡單的解決方案,即setUp函數(shù)。這個函數(shù)在執(zhí)行TestCase中的每個測試函數(shù)之前被調(diào)用,通常為空。通過在setUp中將模型和輸入定義為TestCase的成員變量,我們可以在一個地方初始化測試的組件。
class?TestVAE(unittest.TestCase):
????def?setUp(self):
????????self.net?=?model.MLPVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
????????self.test_input?=?torch.random(4,?1,?32,?32)
????...?#?Test?functions
現(xiàn)在我們用各自的成員變量替換出現(xiàn)的net和inputs,這樣就完成了。如果你想更進一步,對所有測試使用相同的模型實例,您可以使用setUpClass。這個函數(shù)在構(gòu)造TestCase時被調(diào)用一次。如果構(gòu)建速度很慢,并且你不想多次進行構(gòu)建,那么這是非常有用的。
在這一點上,我們有一個整潔的系統(tǒng)來測試我們的VAE模型。我們可以輕松地添加測試,并確保每次都測試模型的相同版本。但是如果你想引入一種新的卷積層,會發(fā)生什么呢?它將在相同的數(shù)據(jù)上運行,也應(yīng)該具有相同的行為,因此將應(yīng)用相同的測試。
僅僅復(fù)制整個TestCase 顯然不是首選的解決方案,但是通過使用setUp,我們已經(jīng)在正確的軌道上了。我們將所有測試函數(shù)轉(zhuǎn)移到一個基類中,而將setUp保留為一個抽象函數(shù)。
class?AbstractTestVAE(unittest.TestCase):
????def?setUp(self):
????????raise?NotImplementedError
????...?#?Test?functions
你的IDE會提示類沒有成員變量net 和test_inputs,但是Python并不關(guān)心。只要子類添加了它們,它就可以工作。對于我們想要測試的每個模型,我們創(chuàng)建這個抽象類的一個子類,并在其中實現(xiàn)setUp。為多個模型或同一個模型的多個配置創(chuàng)建TestCases 就像:
class?TestCNNVAE(AbstractTestVAE):
????def?setUp(self):
????????self.test_inputs?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????????self.net?=?model.CNNVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
class?TestMLPVAE(AbstractTestVAE):
????def?setUp(self):
????????self.test_inputs?=?torch.randn(4,?1,?32,?32)
????????self.net?=?model.MLPVAE(input_shape=(1,?32,?32),?bottleneck_dim=16)
只剩下一個問題了。unittest包發(fā)現(xiàn)并運行unittest.TestCase的所有子元素。因為這包括不能實例化的抽象基類,所以我們總是會有一個失敗的測試。
解決方案是由一個流行的設(shè)計模式提出的。通過刪除TestCase作為AbstractTestVAE的父類,它就不再被發(fā)現(xiàn)了。相反,我們讓我們的具體測試有兩個父類, TestCase和AbstractTestVAE。抽象類和具體類之間的關(guān)系不再是父類和子類之間的關(guān)系。相反,具體類使用抽象類提供的共享功能。這個模式稱為MixIn。
class?AbstractTestVAE:
????...
class?TestCNNVAE(unittest.TestCase,?AbstractTestVAE):
????...
class?TestMLPVAE(unittest.TestCase,?AbstractTestVAE):
????...
父類的順序很重要,因為方法查找是從左到右進行的。這意味著TestCase將覆蓋AbstractTestVAE的共享方法。在我們的例子中,這不是一個問題,但無論如何知道都是好的。
Trainer
我們的學(xué)習(xí)系統(tǒng)的最后一部分是trainer類。它將你所有的組件(數(shù)據(jù)集、優(yōu)化器和模型)放在一起,并使用它們來訓(xùn)練模型。此外,它還實現(xiàn)了一個評估函數(shù),輸出測試數(shù)據(jù)的平均損失。在訓(xùn)練時,所有的損失和指標都被寫入一個TensorBoard event文件中以便可視化。
在這一部分中,編寫可重用測試是最困難的,因為它允許最大程度的自由實現(xiàn)。有些人只在腳本文件中使用簡單的代碼進行訓(xùn)練,有些人將其封裝在函數(shù)中,還有一些人試圖保持更面向?qū)ο蟮娘L(fēng)格。我不會判斷你喜歡哪種方式。我唯一要說的是,在我的經(jīng)驗中,整潔封裝的trainer類使單元測試變得最舒適。
然而,我們會發(fā)現(xiàn)我們之前學(xué)過的一些原則在這里也適用。
trainer的損失
大多數(shù)時候,你只需要從torch上選擇一個預(yù)先實現(xiàn)的損失函數(shù)就可以了。但話說回來,你所選擇的損失函數(shù)可能無法實現(xiàn)。這種情況可能是由于實現(xiàn)相對簡單,函數(shù)太小眾或者太新。無論如何,如果你自己實現(xiàn)了它,你也應(yīng)該測試它。
我們的例子使用Kulback-Leibler (KL)散度作為整體損失函數(shù)的一部分,這在PyTorch中是不存在的(現(xiàn)在的版本里有了)。我們的實現(xiàn)是這樣的:
def?_kl_divergence(log_sigma,?mu):
????return?0.5?*?torch.sum((2?*?log_sigma).exp()?+?mu?**?2?-?1?-?2?*?log_sigma)
函數(shù)取多變量高斯分布的標準偏差和平均值的對數(shù),并計算在封閉形式中的標準高斯分布的KL散度。
檢查這種損失的一種方法是手工計算,然后硬編碼以便比較。更好的方法是在另一個包中找到一個參考實現(xiàn),并根據(jù)它的輸出檢查代碼。幸運的是,scipy包有一個離散KL散度的實現(xiàn),我們可以使用:
@torch.no_grad()
def?test_kl_divergence(self):
????mu?=?np.random.randn(10)?*?0.25??#?means?around?0.
????sigma?=?np.random.randn(10)?*?0.1?+?1.??#?stds?around?1.
????standard_normal_samples?=?np.random.randn(100000,?10)
????transformed_normal_sample?=?standard_normal_samples?*?sigma?+?mu
????bins?=?1000
????bin_range?=?[-2,?2]
????expected_kl_div?=?0
????for?i?in?range(10):
????????standard_normal_dist,?_?=?np.histogram(standard_normal_samples[:,?i],?bins,?bin_range)
????????transformed_normal_dist,?_?=?np.histogram(transformed_normal_sample[:,?i],?bins,?bin_range)
????????expected_kl_div?+=?scipy.stats.entropy(transformed_normal_dist,?standard_normal_dist)
????actual_kl_div?=?self.vae_trainer._kl_divergence(torch.tensor(sigma).log(),?torch.tensor(mu))
????self.assertAlmostEqual(expected_kl_div,?actual_kl_div.numpy(),?delta=0.05)
我們首先從標準高斯函數(shù)和一個不同均值和標準差的高斯函數(shù)中抽取一個足夠大的樣本。然后我們用np.histogram函數(shù),得到基本pdf的離散逼近。有了這些,我們就可以用scipy.stats.entropy得到一個KL散度來比較。我們使用一個相對較大的delta來進行比較,因為scipy.stats.entropy只是一個近似值。
你可能已經(jīng)注意到,我們沒有創(chuàng)建Trainer對象,而是使用TestCase的成員。我們在這里使用了與模型測試相同的技巧,并在setUp函數(shù)中創(chuàng)建了它。我們還固定了PyTorch和NumPy的種子。因為我們這里不需要任何梯度,所以我們用@torch.no_grad來裝飾函數(shù)。
trainer的日志記錄
我們使用TensorBoard來記錄我們的訓(xùn)練過程的損失和度量。為此,我們希望確保按預(yù)期寫入所有日志。一種方法是在訓(xùn)練后打開event文件,查找正確的event。同樣,這也是一個有效的選項,但我們將以另一種方式來看看unittest包的一個有趣功能:mock。
mock允許你用一個監(jiān)視其自身是如何調(diào)用的函數(shù)來打包一個函數(shù)或?qū)ο蟆N覀儗⑻鎿Qsummary writer的add_scalar 函數(shù),并確保以這種方式記錄我們關(guān)心的所有損失和指標。
def?test_logging(self):
????with?mock.patch.object(self.vae_trainer.summary,?'add_scalar')?as?add_scalar_mock:
????????self.vae_trainer.train(1)
????expected_calls?=?[mock.call('train/recon_loss',?mock.ANY,?0),
??????????????????????mock.call('train/kl_div_loss',?mock.ANY,?0),
??????????????????????mock.call('train/loss',?mock.ANY,?0),
??????????????????????mock.call('test/loss',?mock.ANY,?0)]
????add_scalar_mock.assert_has_calls(expected_calls)
assert_has_calls 函數(shù)匹配預(yù)期調(diào)用列表和實際記錄的調(diào)用。mock.ANY 表示我們不關(guān)心記錄的標量的值,因為無論如何我們都不知道它。
因為我們不需要對整個數(shù)據(jù)集執(zhí)行完一個epoch,所以我們在setUp 中將訓(xùn)練數(shù)據(jù)配置為只有一個batch。這樣,我們可以顯著地加快我們的測試速度。
trainer的擬合
最后一個問題也是最難回答的。我的訓(xùn)練最終會收斂嗎?要確切地回答這個問題,我們需要用我們所有的數(shù)據(jù)進行一次全面的訓(xùn)練并對其打分。
由于這非常耗時,我們將使用一種更快的方法。我們將看看我們的訓(xùn)練是否能使模型對單個batch的數(shù)據(jù)進行過擬合。測試函數(shù)相當簡單:
def?test_overfit_on_one_batch(self):
????self.vae_trainer.train(500)
????self.assertGreaterEqual(30,?self.vae_trainer.eval())
如前一節(jié)所述,setUp函數(shù)創(chuàng)建一個只包含一個batch的數(shù)據(jù)集的trainer。此外,我們也使用訓(xùn)練數(shù)據(jù)作為測試數(shù)據(jù)。通過這種方式,我們可以從 eval函數(shù)中獲得訓(xùn)練batch的損失,并將其與我們預(yù)期的損失進行比較。
對于一個分類問題,當我們完全過擬合時,我們期望損失為零。“VAE”的問題是,它是一個非確定性的生成模型,零損失是不現(xiàn)實的。這就是為什么我們預(yù)期的損失是30,這等于每像素的誤差為0.04。
這是迄今為止運行時間最長的測試,它可以運行500 epochs。最后,在我的筆記本電腦上用1.5分鐘左右就可以了,這仍然是合理的。為了在不降低對沒有GPU的機器的支持的情況下進一步加速,我們可以簡單地在setUp中添加這一行:
device?=?'cuda:0'?if?torch.cuda.is_available()?else?'cpu'
這樣一來,如果我們有GPU,我們就可以利用它,如果沒有,就利用CPU進行訓(xùn)練。
最后要注意的
在我們進行日志記錄時,你可能會注意到,針對trainer的單元測試往往會使你的文件夾充滿event文件。為了避免這種情況,我們使用tempfile 包為trainer創(chuàng)建一個臨時日志目錄。測試結(jié)束后,我們只需要再次刪除它和它的內(nèi)容。為此,我們使用了孿生函數(shù)setUp,和tearDown。在每個測試函數(shù)后調(diào)用此函數(shù),清理過程簡單如下:
def?tearDown(self):
????shutil.rmtree(self.log_dir)
總結(jié)
我們看完了這篇文章。讓我們評估一下我們從整個磨難中得到了什么。
我們?yōu)槲覀兊男±泳帉懙臏y試套件包含58個單元測試,整個運行大約需要3.5分鐘。對于這58個測試,我們只編寫了20個函數(shù)。所有測試都可以確定地、獨立地運行。如果有GPU,我們可以運行額外的測試。大多數(shù)測試,例如數(shù)據(jù)集和模型測試,可以在其他項目中輕松重用。我們可以通過使用:
子測試為我們的數(shù)據(jù)集的多種配置運行一個測試 setUp和tearDown函數(shù)一致地初始化和清理我們的測試抽象測試類來測試VAE的不同實現(xiàn) torch.no_grad裝飾器在可能的情況下禁用梯度計算mock模塊檢查函數(shù)是否被正確調(diào)用
最后,我希望我能夠說服至少有人在他們的深度學(xué)習(xí)項目中使用單元測試。本文的配套git倉庫可以作為起點。

英文原文:https://krokotsch.eu/cleancode/2020/08/11/Unit-Tests-for-Deep-Learning.html
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