科研畫圖都用什么軟件？

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在看一些文章的時(shí)候，經(jīng)常感覺有些概念圖畫的非常精致漂亮，但是不知道是用什么軟件畫的，各位大神都習(xí)慣使用什么樣的軟件呢？

作者：丁香學(xué)術(shù)
https://www.zhihu.com/question/29557377/answer/489326809
來源：知乎

可以用 AI，也就是 Adobe Illustrator 畫圖，尤其是有些自科文章里面的細(xì)胞圖，信號(hào)通路圖之類的。

比如這樣的圖

我們打開軟件后選擇左邊的「鉛筆工具」，先從畫線粒體開始，描出大致形狀后可在圖形選中的情況下修改線條，一直改至線條圓滑為止（初步看還是較為滿意滴）。

然后我們選擇左側(cè)「填色」，對(duì)顏色進(jìn)行填充；首先選中圖形，雙擊左側(cè)「填色板」，調(diào)出「拾色器」，選擇合適的顏色分別填充線粒體外膜和內(nèi)膜，再將內(nèi)膜移至外膜內(nèi)（此時(shí)一個(gè)像樣的線粒體就初步完成啦）。

接著通過「Ctrl+C」和「Ctrl+V」將已完成的線粒體復(fù)制兩份，并旋轉(zhuǎn)方向，如果此時(shí)覺得圖形較大，可以通過右擊，選擇「變換」，選擇「縮放」，適當(dāng)將圖形縮小（以自己滿意為主）。

接著我們再進(jìn)行畫橢圓，選擇左側(cè)「圖形工具」，本次選擇「橢圓工具」，畫好橢圓后將其填充為淡紫色。

然后將橢圓形移至線粒體附近，此時(shí)由于處于不同圖層，因此橢圓可能位于線粒體上方，別著急，此時(shí)只需右擊，選擇「排列」，「置于底層」，即可將橢圓形的位置置于底層。

接著我們還是選擇「鉛筆工具」，將最外層的邊框畫好，然后加粗邊框的線條；選擇「描邊」，選擇 4 pt 粗的邊框，接著將顏色填充好，將邊框置于所有圖層的最底層。

初步看大致輪廓已經(jīng)構(gòu)建好了，接著我們將各項(xiàng)補(bǔ)齊，然后再添加文字，文字添加也很簡單，選擇「文字工具」，在小邊框里將文字添加，然后移至圖中對(duì)應(yīng)位置。

加完文字后接下來就是上升下降的箭頭了，選擇左側(cè)「直線段工具」，添加直線后右側(cè)點(diǎn)擊「描邊」，調(diào)出添加箭頭的選項(xiàng)，默認(rèn)的箭頭過大，此時(shí)下方可進(jìn)行縮放，將其縮放為 30%，此時(shí)完成箭頭的添加；如果需要將直線變?yōu)樘摼€，則只需在「虛線」框中打勾，則可完成。

需要畫曲線的話，同樣在左側(cè)「直線段工具」中，長按，選擇曲線。

接著添加轉(zhuǎn)錄因子，選擇左側(cè)的「圓角矩形工具」，將顏色填充為淡黃色，添加上基因名（一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子由此生成，相當(dāng) easy）。

添加文字和曲線后我們的第一部分則已經(jīng)完成，歸納起來就是描邊，填充顏色，添加線條和文字，總體來說很輕易能完成，而第二部分的畫法則與第一部分完全相同。

畫完后，則一副高清晰度的配圖就出現(xiàn)在我們軟件里，隨時(shí)導(dǎo)出則可以使用

作者：Pjer
https://www.zhihu.com/question/29557377/answer/1112077913
來源：知乎

這里講講數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的科研畫圖，就是有數(shù)據(jù)出圖。

軟件主要是Python/matplotlib 和 MATLAB 偶爾偶爾萬不得已了也得用一下IDL。

（評(píng)論區(qū)指出，常用的還應(yīng)該有R/ggplot，origin）

存在這樣一個(gè)現(xiàn)象，會(huì)有Python派的說MATLAB畫圖丑，也有MATLAB說IDL丑，總之沒有任何一個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)繪圖軟件可以得到一致好評(píng)或者一致差評(píng)。其實(shí)有數(shù)據(jù)畫圖好不好看這事兒，還是看“定制化”的程度，定制化程度越高就會(huì)顯得專業(yè)。所以不要批判哪個(gè)軟件畫圖不好看，批判就是不會(huì)用~

比如，同樣是MATLAB里， 稍微調(diào)一下axes位置，能組合組合一下，線的顏色粗細(xì)什么的。看起來就會(huì)好一些

但是如果直接一行

plot(x,y)

那畫出來絕對(duì)看起來廉價(jià)，

也不好意思往文章里放。

其實(shí)axes調(diào)位置是每次畫圖都要占據(jù)大量時(shí)間的事情，不要用subplot默認(rèn)排布，那個(gè)間距不大好看，能共用x或者y的時(shí)候就合并合并，看著舒服，比如：

剛才說到，定制化越高，圖看起來越專業(yè)，其實(shí)這個(gè)定制化是需要時(shí)間投入和一定能力基礎(chǔ)以及靈感的。

就我2019年的一篇ApJ里面的一張圖當(dāng)時(shí)想了很久都到底如何在同一張2d圖里面顯示出所有對(duì)應(yīng)點(diǎn)的2種屬性。最終想出來的解決方案是colormap也用2d，效果是這樣的（MATLAB作圖）：

色溫表示頻率，亮度表示時(shí)標(biāo)。所有點(diǎn)的兩種屬性就融合在同一張圖里，趨勢能體現(xiàn)的更明顯，有利于我吧后面的物理機(jī)制講清楚。

評(píng)論區(qū)有問2D顏色表如何實(shí)現(xiàn)，簡單說一下：

核心是顏色映射，MATLAB里有個(gè)函數(shù)，

rgb_arr = hsv2rgb(hsv_arr)

可以用來建立從HSV色彩空間到RGB色彩空間的映射。在HSV色彩空間里H代表顏色相位也就是色溫，S是飽和度，V是亮度。這里用H和V來表示兩個(gè)物理量。先使用每個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的兩個(gè)屬性組織其HSV空間的顏色，然后hsv2rgb映射到rgb，散點(diǎn)圖scatter的時(shí)候每個(gè)點(diǎn)指定上對(duì)應(yīng)的rgb。最后colorbar就是在一個(gè)獨(dú)立的axes里用imshow硬畫出來的顏色表，

例子：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/264137122

結(jié)：

各個(gè)畫圖工具都得會(huì)一點(diǎn)兒，因?yàn)殚T檻都不高，看一個(gè)例子就能上手，每個(gè)都會(huì)點(diǎn)兒就是圖個(gè)效率，比如很多時(shí)候當(dāng)整個(gè)工具鏈都在Python里的時(shí)候硬是用MATLAB畫圖就會(huì)很麻煩。

圖畫的好不好，專業(yè)不專業(yè)，取決于定制化程度

一張好的插圖可以引導(dǎo)整篇文章的思路~

點(diǎn)個(gè)在看 paper不斷！