分子結(jié)構(gòu)模擬工具UCSF Chimera的安裝及基本操作
UCSF Chimera是一個(gè)用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互式可視化和分析工具。主要包括：密度圖，超分子組合，順序排列，對(duì)接結(jié)果，軌跡和構(gòu)象整合。也可以生成高質(zhì)量圖像和動(dòng)畫。
軟件下載
基本操作
UCSF Chimera的基本操作與PyMOL大致相同，首先準(zhǔn)備好一個(gè)PDB文件。我們以HBB蛋白為例，使用UCSF Chimera打開，默認(rèn)結(jié)構(gòu)為ribbon。
設(shè)置背景顏色
顯示/隱藏區(qū)域：通過調(diào)整藍(lán)框中的兩條黃線，顯示或隱藏蛋白質(zhì)的一部分區(qū)域
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)
顯示氫鍵
首先我們需要隱藏周圍的水分子，點(diǎn)擊"Select→Residue→HOH"。按住鍵盤的“Ctrl”，選擇配體中的一個(gè)原子，按鍵盤的“↑”鍵，選中完整配體，點(diǎn)擊“Tools→Structure Analysis→FindHBond，勾選1“Only find H-bonds”，顯示配體與周圍氨基酸的氫鍵作用。
測量兩個(gè)原子之間的距離
輸出圖片
UCSF Chimera下載免費(fèi)，安裝簡單，輸出圖片較為美觀。與PyMOL相比操作較為復(fù)雜（如選擇殘基時(shí)需要同時(shí)操作鍵盤和鼠標(biāo)），但UCSF Chimera做點(diǎn)突變時(shí)相比 PyMOL功能更強(qiáng)大，可以自動(dòng)調(diào)整點(diǎn)突變后周圍其他氨基酸結(jié)構(gòu)的變化。UCSF Chimera的資助于2018年結(jié)束，不再處于積極的開發(fā)中，只在關(guān)鍵維護(hù)時(shí)才進(jìn)行更新。
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