dcm2niixDICOM 到 NIfTI 格式轉(zhuǎn)換器

dcm2niix 被設(shè)計(jì)用來(lái)將神經(jīng)影像數(shù)據(jù)從 DICOM 格式轉(zhuǎn)換為 NIfTI 格式。MRIcroGL 中包含了用于 Linux、macOS 和 Windows 的最新穩(wěn)定版本的編譯版本。該軟件的完整手冊(cè)以 NITRC wiki 的形式提供。

依賴(lài)性

這個(gè)軟件可以在 macOS、Linux 和 Windows 上運(yùn)行，通常不需要任何其他軟件。然而，如果你使用 dcm2niix 來(lái)創(chuàng)建 gz 壓縮圖像，安裝了 pigz 的情況下速度會(huì)更快。你可以通過(guò)下載 MRIcroGL 獲得為你的操作系統(tǒng)編譯的 dcm2niix 和 pigz 的版本。

圖像轉(zhuǎn)換和壓縮

DICOM 提供了許多存儲(chǔ)/壓縮圖像數(shù)據(jù)的方法，被稱(chēng)為傳輸語(yǔ)法。COMPILE.md 文件描述了關(guān)于如何啟用不同選項(xiàng)以提供對(duì)更多格式的支持的細(xì)節(jié)。

• 基本代碼包括對(duì)原始、運(yùn)行長(zhǎng)度編碼和經(jīng)典 JPEG 無(wú)損解碼的支持；
• 有損的 JPEG 是由內(nèi)含的 NanoJPEG 處理，這種支持是模塊化的：你可以為 libjpeg-turbo 編譯或完全禁用它。
• JPEG-LS 無(wú)損支持是可選的，可以通過(guò)使用 CharLS 來(lái)提供。
• JPEG2000 有損和無(wú)損支持是可選的，可以使用 OpenJPEG 或 Jasper 來(lái)提供。
• GZ 壓縮（例如，創(chuàng)建 .nii.gz 圖像）是可選的，可以使用內(nèi)含的 miniz 或流行的 zlib 提供。特別值得注意的是，Cloudflare 的 zlib 利用現(xiàn)代硬件（自2008年起可用）進(jìn)行非常快速的壓縮。另外，你也可以不使用gzip壓縮器來(lái)編譯dcm2niix。無(wú)論你如何編譯 dcm2niix，它都可以使用外部程序 pigz 進(jìn)行并行壓縮。

安裝

有幾種方法可以安裝 dcm2niix

• Github Releases 提供最新編譯的可執(zhí)行文件。這是 MacOS 和 Windows 用戶(hù)的絕佳選擇。但是，提供的 Linux 可執(zhí)行文件需要最新版本的 Linux（例如 Ubuntu 14.04 或更高版本）
• 運(yùn)行以下命令以獲取適用于 Linux、Mac 或 Windows 的最新版本：
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zip
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac.zip
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac_arm.pkg
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_win.zip
• 如果你有一臺(tái)裝有 Homebrew 的 macOS 電腦，你可以運(yùn)行brew install dcm2niix.
• 如果你有 Conda，執(zhí)行conda install -c conda-forge dcm2niix在 Linux、MacOS 或 Windows 上安裝。
• 在 Debian Linux 計(jì)算機(jī)上，您可以運(yùn)行sudo apt-get install dcm2niix.