AlphaFold 是 DeepMind 開源的人工智能系統(tǒng)，借助 AlphaFold 可以更加準確的預測蛋白質的形狀。主要應用于醫(yī)療保健和生命科學領域，有可能加速藥物的研究與發(fā)現。

首次設置

要想運行AlphaFold，需要進行以下步驟：

• 安裝 Docker；
  • 安裝英偉達容器工具包以支持 GPU；
  • 設置以非 root 用戶身份運行 Docker；
• 下載遺傳數據庫；
• 下載模型參數；
• 檢查 AlphaFold 是否能夠通過運行來使用 GPU；

  docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:11.0-base nvidia-smi

遺傳數據庫

這一步需要在你的機器上安裝 rsync 和 aria2c，AlphaFold 需要多個遺傳（序列）數據庫來運行。

• UniRef90；
• MGnify；
• BFD；
• Uniclust30；
• PDB70；
• PDB（mmCIF 格式的結構）；

提供一個腳本 scripts/download_all_data.sh，可以用來下載和設置所有這些數據庫。這應該需要8-12小時。

注意：總下載量約為 428 GB，解壓后總大小為 2.2 TB。請確保你有足夠大的硬盤空間、帶寬和時間來下載。