GO/KEGG富集分析泡泡圖中為什么基因的數(shù)目是小數(shù)？

在上次轉(zhuǎn)錄組可視化課程中，有位老師看到富集分析泡泡圖的圖例中的Count存在小數(shù)，于是提出了這么一個(gè)問題：為什么基因的數(shù)目有小數(shù)？

之前沒有注意過這個(gè)問題，應(yīng)該是ggplot2默認(rèn)的圖例生成方式所導(dǎo)致的。

看下面這個(gè)代碼，根據(jù)數(shù)據(jù)不同，產(chǎn)生同樣長度的區(qū)間，有時(shí)會(huì)得到小數(shù)，有時(shí)會(huì)得到整數(shù)。

> seq(10,20,length=5)
[1] 10.0 12.5 15.0 17.5 20.0
> seq(10,14,length=5)
[1] 10 11 12 13 14

所以出現(xiàn)在圖例中有時(shí)會(huì)小數(shù)、有時(shí)會(huì)整數(shù)。其本身的含義是這么大的點(diǎn)代表的基因數(shù)有多少，一般也沒有要求必須是整數(shù)。不過為了避免誤解，這個(gè)問題還是要解決一下。

人為根據(jù)要呈現(xiàn)的圖例間隔數(shù)目計(jì)算出一個(gè)步長，再生成完整圖例數(shù)字，就全都是整數(shù)了。在之前的繪圖代碼中加上下面的代碼就可以了：

min = min(data[[size_variable]])
max = max(data[[size_variable]])
# 4 is length
step = ceiling((max-min)/4)
p <- p + scale_size_continuous(breaks=seq(min, max, by=step))

這樣出來的圖就沒問題了。這也更新到了我們的高顏值在線繪圖平臺(tái)。

• Venn網(wǎng)絡(luò)展示富集分析結(jié)果
• 單個(gè)基因集富集分析泡泡圖繪制
• 多個(gè)基因集富集結(jié)果泡泡圖繪制展示

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