多個(gè)基因集富集結(jié)果泡泡圖繪制展示

多個(gè)基因集富集結(jié)果展示

通常我們會(huì)同時(shí)對(duì)多個(gè)基因集分別進(jìn)行富集分析，結(jié)果放在一起展示。這時(shí)我們需要在富集結(jié)果后面加一列，標(biāo)記該結(jié)果是哪個(gè)基因集的富集，在Excel中可以很方便地操作。如下面動(dòng)圖所示，分組的名字自己根據(jù)實(shí)際取名即可。

有了這個(gè)多組基因富集后整合起來的數(shù)據(jù)，就可以用BIC繪圖了。數(shù)據(jù)粘貼就不展示了，直接看參數(shù)選擇。

與單組富集結(jié)果相比，最大的改動(dòng)就在：

• 新增的Group列而非 log_odds_ratio列作為橫軸(X-axis)信息

提交后獲得結(jié)果。圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)富集的條目，在Y軸有對(duì)應(yīng)標(biāo)記。每一列是一組基因的富集結(jié)果。三組共有的富集在最上面，2組共有的富集在中間，每組特有的富集在底部。每個(gè)點(diǎn)的大小代表用于分析的基因集中匹配到該通路的基因數(shù)目，顏色代表富集程度。

如果希望在顯示多組時(shí)，依然保留log_odds_ratio的信息，也可以。這里換一套數(shù)據(jù)更好展示(因?yàn)镚roup2、Group3是模擬數(shù)據(jù)，直接從Group1中抽取出來的，所以繪制出來會(huì)存在重疊)

GOID    Ontology    Term    Level    q    m    t    k    log_odds_ratio    p    Group
GO:0006730    biological_process    one-carbon metabolic process    4    340    57    45240    13378    1.012309306    0.001481151    Group1
GO:0007154    biological_process    cell communication    2    2169    6843    45240    13378    0.100137585    0.007326261    Group1
GO:0007165    biological_process    signal transduction    5    1955    6136    45240    13378    0.107606604    0.006325629    Group1
GO:0023052    biological_process    signaling    1    2100    6613    45240    13378    0.102820905    0.006590727    Group1
GO:0044700    biological_process    single organism signaling    2    2100    6613    45240    13378    0.102820905    0.006590727    Group1
GO:0050896    biological_process    response to stimulus    1    3251    10438    45240    13378    0.074846633    0.012472089    Group1
GO:0006730    biological_process    one-carbon metabolic process    4    340    57    45240    13378    1.212309306    0.001481151    Group2
GO:0007154    biological_process    cell communication    2    2169    6843    45240    13378    0.200137585    0.007326261    Group2
GO:0007165    biological_process    signal transduction    5    1955    6136    45240    13378    0.207606604    0.006325629    Group2
GO:0023052    biological_process    signaling    1    2100    6613    45240    13378    0.302820905    0.006590727    Group2
GO:0007165    biological_process    signal transduction    5    1955    6136    45240    13378    0.307606604    0.006325629    Group3
GO:0023052    biological_process    signaling    1    2100    6613    45240    13378    0.202820905    0.006590727    Group3

• log_odds_ratio列依然作為橫軸(X-axis)信息

• 新增的Group列作為Shape variable，用不同的形狀表示不同的組

• Shape variable order是可選項(xiàng)，調(diào)節(jié)組的順序，默認(rèn)不填寫或按需設(shè)置都可

• 修改下顏色，用colorPicker設(shè)置，前面工具有介紹

提交后獲得結(jié)果。圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)富集的條目，在Y軸有對(duì)應(yīng)標(biāo)記。這些條目按其log_odds_ratio的值排序后展示，log_odds_ratio高的條目在Y軸上方展示；每個(gè)點(diǎn)的大小代表用于分析的基因集中匹配到該通路的基因數(shù)目，顏色代表富集程度。點(diǎn)的形狀則代表其所屬的組信息。

但是這個(gè)圖出現(xiàn)了一個(gè)問題，圖例顯示不全。最簡單的解決辦法就是把圖的寬度和高度調(diào)大。

結(jié)果就正常了，可以下載PDF版、PPT版（如果選了參數(shù)）和對(duì)應(yīng)的R代碼

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