無需寫代碼的高顏值富集分析神器
富集分析是了解一個基因集功能傾向性的一個方式，在組學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用廣泛。常見的有基于差異基因的Over-representation分析，也就是常說的GO、KEGG富集分析和Functional class scoring分析，如GSEA。這兩種富集分析算法不同，但可以都支持同樣的注釋集，如GO、KEGG或其他類型的注釋?；驹瓌t只有一個：基因集的基因名字與注釋集的基因名字能匹配。剩下的就是了解下原理去操作了。
下面三篇文章建議仔細多讀幾遍，尤其是原理解釋部分。對以后的分析事半功倍。做了兩年多的培訓(xùn)的體驗是：學(xué)不會是因為沒時間。時間用到了，自然就會了，培訓(xùn)現(xiàn)場的進度就是最好的支持證據(jù)。我們的培訓(xùn)希望在3天時間告訴大家需要3個月到半年可以掌握的知識，多讀幾遍也就都會了 (跑題了)。
今天給大家介紹的是Cytoscape的插件——ClueGO。ClueGO能以網(wǎng)絡(luò)圖的形式來展示GO富集結(jié)果。
除了在線工具和R代碼，今天帶來的是網(wǎng)絡(luò)繪制工具Cytoscape的一個插件ClueGO，支持200多個物種，支持數(shù)據(jù)庫實時更新，支持多個注釋數(shù)據(jù)集，支持多集合富集結(jié)果比較和網(wǎng)絡(luò)圖展示。配合Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)操作，可以做更多探索。下面看看怎么安裝和使用吧。
ClueGO安裝
官網(wǎng)下載
（http://apps.cytoscape.org/apps/cluego）
Cytoscape的APP Manager中下載
ClueGO激活
ClueGO第一次使用需要按照提示申請license，申請網(wǎng)址為：http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。點擊Request a license key，填寫基本信息之后提交審核，審核時間可能需要幾天。拿到license之后點擊App-ClueGO，在彈出的提示框中輸入license即可激活ClueGO。
簡單使用ClueGO
1. 上傳數(shù)據(jù)
可以粘貼基因的id、symbol等或從本地上傳文件 (富集分析的基因集只需要基因名字)，我們以ClueGO的示例文件“CluePediaExampleFile_Th1RelatedGenes.txt”為例，并選擇其對應(yīng)物種和自動識別Gene id類型選項。
2.選擇富集數(shù)據(jù)集和富集標(biāo)準(zhǔn)
默認是BP（Biological Process），我們增加常用的CC（Cellular Component）和MF（Molecular Function）
然后勾選以下選項，目的是只顯示p值<=0.05的富集結(jié)果。具體選擇的富集顯著性P value，可自行調(diào)整。
3.富集分析和結(jié)果展示
點擊start開始進行富集分析
運行結(jié)束后，會跳出一個簡述富集結(jié)果信息的提示框，包括物種,?基因名字，匹配的注釋信息，重疊度和冗余度等信息。
Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)視圖中展示的是富集結(jié)果的網(wǎng)絡(luò)圖。每個節(jié)點是代表性富集通路，節(jié)點的連線表示通路之間的共有的基因數(shù)，顏色表示該節(jié)點的富集情況分類(隸屬于哪個功能組，顏色也可以和表格形式的的ClueGO結(jié)果對應(yīng))。
結(jié)果導(dǎo)出為矢量圖
結(jié)果保存為表格或Excel格式
ClueGO優(yōu)勢
1. 物種豐富，并支持手動下載
本地有人類和小鼠可選，也可根據(jù)需要下載，支持近200個物種。
2. 物種注釋手動更新
(前面推薦的GOEAST是每周更新，這個可以認為是實時更新。R中的注釋包相比來說更新的慢了些，需要社區(qū)發(fā)布新版本或自己整理。)
3. 多種網(wǎng)絡(luò)布局和自由網(wǎng)絡(luò)設(shè)計
多種網(wǎng)絡(luò)布局類型選擇
style選項可對網(wǎng)絡(luò)的顏色，節(jié)點，網(wǎng)絡(luò)等進行修改
4. 多個數(shù)據(jù)集比較
同時導(dǎo)入2組或多組基因列表，可以進行比較分析。
富集結(jié)果：
首先跳出了一個簡述富集結(jié)果信息的提示框，和單組分析類似，包括物種,?基因名字，匹配的注釋信息，重疊度和冗余度等信息，但是額外統(tǒng)計了了兩組共有的基因的富集結(jié)果。
Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)視圖中展示的是富集結(jié)果的網(wǎng)絡(luò)圖。
每個節(jié)點是代表性富集通路，節(jié)點的連線表示通路之間的共有的基因數(shù)，顏色表示該節(jié)點的富集情況分類，而兩組單獨的，綜合的，共有的富集通路等均可在ClueGO results詳細看到。
5. 鏈接外源數(shù)據(jù)庫
看到感興趣的基因、通路，可以直接選擇需要的外源數(shù)據(jù)庫查詢獲得更多信息。
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