2021年8月2日，JGG在線發(fā)表了中國中醫(yī)科學(xué)院黃璐琦院士團隊和中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所劉永鑫高級工程師合作題為“EVenn: Easy to create repeatable and editable Venn diagrams and Venn networks online”的研究論文。該論文介紹了一款用于數(shù)據(jù)交互性探索和可視化的一站式Venn圖和Venn網(wǎng)絡(luò)在線繪制平臺。
https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.07.007
自1880年首次提出以來，Venn圖被廣泛用于分析和展示多組數(shù)據(jù)集的交集、并集和差集的關(guān)系。當數(shù)據(jù)集小于5組時，經(jīng)典的Venn圖或Euler圖呈現(xiàn)數(shù)據(jù)小巧美觀，表意清晰 (圖A, B, C)。當數(shù)據(jù)集增多時，UpSet圖或Flower圖則更適合數(shù)據(jù)展示 (圖D, E)。除Venn圖外，Venn網(wǎng)絡(luò)可在呈現(xiàn)集合交并關(guān)系時清楚地展示每個特征，并且可以通過調(diào)整網(wǎng)絡(luò)布局，更好地呈現(xiàn)數(shù)據(jù)集內(nèi)部的復(fù)雜關(guān)系 (圖F)。
Evenn 繪制Venn圖和Venn網(wǎng)絡(luò)示例
該研究開發(fā)出的EVenn可以通過一次性輸入數(shù)據(jù)，3分鐘內(nèi)完成上述5種Venn圖和Venn網(wǎng)絡(luò)的繪制，特別適合整合數(shù)據(jù)集的探索分析和比較可視化。同時EVenn還提供了3種統(tǒng)計分析方法 (Fisher’s exact test, random sample test, Jaccard similarity test) 用于評估2個集合的相似性，并可以計算任意組數(shù)據(jù)的交并關(guān)系，對于關(guān)鍵基因或菌群的篩選更加便捷有效。
從2021年3月末有統(tǒng)計以來，Evenn共有1萬多獨立IP訪問，日均使用百次。同時該網(wǎng)站配有詳細的演示數(shù)據(jù)、圖文操作教程和視頻教程，為科研工作者提供了有力的數(shù)據(jù)統(tǒng)計支持。EVenn的訪問網(wǎng)址：http://www.ehbio.com/test/venn/。
中國中醫(yī)科學(xué)院中藥資源中心陳同博士為論文第一作者，黃璐琦院士和劉永鑫高級工程師為該論文共同通訊作者。相關(guān)工作得到中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費專項資金資助。
往期精品(點擊圖片直達文字對應(yīng)教程)
機器學(xué)習(xí)
后臺回復(fù)“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集
