RNA-seq最強(qiáng)綜述名詞解釋&思維導(dǎo)圖|關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這（續(xù)）
前言
NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、轉(zhuǎn)錄組分析 （Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、單細(xì)胞測序分析 (重磅綜述：三萬字長文讀懂單細(xì)胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘（典型醫(yī)學(xué)設(shè)計實驗GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內(nèi)容。
之前整理的一篇大綜述 — Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這收到了熱烈反響，閱讀人數(shù)過萬。
行文很長，最后精煉下來的文字近三萬，適合深度閱讀思考。
還有背后的故事：一篇綜述翻譯解讀文章的發(fā)出也需要數(shù)易其稿
上次發(fā)出時，有讀者留言說部分專業(yè)名詞不理解。為了方便理解和對綜述有個概覽，特整理了下面的思維導(dǎo)圖，對應(yīng)原文，共計8個大標(biāo)題，大標(biāo)題下又分有小主題，各個分支介紹有每個主題的主要內(nèi)容及采用方法。
內(nèi)容已發(fā)布在石墨文檔，鏈接如下：
https://shimo.im/mindmaps/qQVV3r3Pqx8DVGjC/ 《RNA-seq思路圖（歡迎大家備注、修改，可先創(chuàng)建副本，在副本文件修改）》，可復(fù)制鏈接后用石墨文檔 App 或小程序打開
Note：想要打開全部分支、添加備注或修改信息，請先創(chuàng)建副本，在備份文件打開修改，原文件不支持修改
原文在深度總結(jié)了RNA-seq這些年的同時，還分享了文中一些名詞的解釋，編譯分享如下，希望有助于進(jìn)一步理解學(xué)習(xí)。
Read depthRead深度：一個樣本測序得到的reads數(shù)；容易和基因組測序的覆蓋度 (多少基因組區(qū)域被測到了)和測序深度混淆 (單個核苷酸被測到的次數(shù)或所有核苷酸被測到的平均深度)。Short-read短讀長：測序得到的長度最大是500 bp的reads，常見的測序片段長度為100-300 bp；本文中的短讀長測序片段代表測到的mRNA片段和降解了的mRNA。Long-read長讀長：測序得到的超過1000 bp的reads，本文中代表全長或近乎全長的mRNA。Direct RNA sequencing(dRNA-seq): 直接測序RNA而非cDNA的測序技術(shù)，通常用于測序全長或近全長的mRNA 。Multi-mapped reads多重比對的reads：從轉(zhuǎn)錄組同源區(qū)域測序得到的reads，不能精確確認(rèn)其轉(zhuǎn)錄本或基因組的來源。Synthetic long reads合成long reads：通過組裝多個短讀長得到長讀長的方法。唯一分子標(biāo)識符（
UMIs）：在擴(kuò)增前，構(gòu)建RNA-seq文庫的時候加入的短序列或barcodes，理想情況下每條轉(zhuǎn)錄本結(jié)合一個唯一的標(biāo)識符，含有此標(biāo)識符的reads都來源于此轉(zhuǎn)錄本，定量時只計算一次?？梢杂脕斫档蚏NA-seq的定量偏好性，在RNA起始量低的單細(xì)胞實驗中尤為適用。Read length讀長：單個測序reads的長度，short-read RNA測序得到的長度通常是50-150 bp。Sensitivity敏感性：樣本中多大比例的轉(zhuǎn)錄本會被測到，敏感性越高，這一比例越高。它受樣本處理、文庫制備、測序和計算偏好性的影響。Specificity特異性：度量差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本被正確鑒定出的比例的方法，它受樣本處理，文庫制備，測序和計算偏好性的影響。Duplication rates重復(fù)Reads比率：比對到轉(zhuǎn)錄組相同位置的的測序reads的比例。在RNA-seq文庫中，一些轉(zhuǎn)錄本可能有高的重復(fù)率，因為它們在樣本中表達(dá)水平高。高表達(dá)的基因的重復(fù)率很高，而低表達(dá)基因的或許有著最小的重復(fù)率。由此RNA-seq面臨著一個挑戰(zhàn)，該技術(shù)中大部分重復(fù)可能是高表達(dá)轉(zhuǎn)錄本帶來的真實信號，而另一些則是由于擴(kuò)增和測序偏好性造成的。Single-end sequencing單端測序 (SE)：只測序cDNA片段的一端，因其費用低，常用于只關(guān)注差異基因表達(dá)的項目中。（NGS基礎(chǔ) - 高通量測序原理）Paired-end sequencing雙端測序 (PE)：cDNA片段兩端分別測序，可以測序到cDNA的更多堿基，更好的識別剪接位點，常于差異基因表達(dá)分析項目。生物學(xué)重復(fù)：對生物來源不同的樣本的多次檢測，比如來自三個個體的組織，用于捕獲生物個體自身的變化；這個變化要么是待研究的對象，要么是噪音。相較之下，技術(shù)重復(fù)是對同樣的樣本做重復(fù)的操作—比如，對一個組織做三次處理。
Expression matrix表達(dá)矩陣：差異表達(dá)RNA-seq項目的核心數(shù)據(jù)文件。每一行代表一個RNA，比如基因或者轉(zhuǎn)錄本。每一列是一個測序的樣本。矩陣中的數(shù)值是每個RNA的reads數(shù)。這些可能是對轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的計數(shù)估計，并通常在后續(xù)的分析前先進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化轉(zhuǎn)化。Spike-in control內(nèi)參：按特定濃度添加到樣品中的外源核酸庫。它們通常是預(yù)先合成的不同濃度的RNA，用于監(jiān)測反應(yīng)效率和技術(shù)方法的偏差和假陰性結(jié)果。Spatialomics空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)：能保留給定樣本（通常是組織切片）中每個轉(zhuǎn)錄本的空間信息的轉(zhuǎn)錄組分析方法。Nascent RNA新生RNA：剛剛轉(zhuǎn)錄出來的RNA，與已經(jīng)加工并運輸?shù)郊?xì)胞質(zhì)的RNA相對應(yīng)。Translatome翻譯組：細(xì)胞、組織或生物體中正在翻譯成蛋白質(zhì)的mRNA集合。Structurome結(jié)構(gòu)組：細(xì)胞、組織或生物體中RNA的二級和三級結(jié)構(gòu)集合。Interactome互作組：細(xì)胞、組織和生物體中分子相互作用的集合，包括有RNA-RNA或者RNA-蛋白質(zhì)的相互作用。Differential gene expression (DGE)差異基因：兩個實驗組中表達(dá)顯著變化的基因。
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