50T內(nèi)存？百萬(wàn)機(jī)時(shí)？頭一次見(jiàn)這么耗費(fèi)內(nèi)存和機(jī)時(shí)的分析？
朋友發(fā)來(lái)一個(gè)公司的分析報(bào)價(jià)單，讓我看看。這些分析雖不是太懂，不過(guò)也了解一些。人的CIRCOS是畫(huà)過(guò)的，我的小破服務(wù)器（32核，256G內(nèi)存）處理起來(lái)沒(méi)任何壓力。一個(gè)家族基因鑒定、進(jìn)化分析據(jù)說(shuō)一臺(tái)普通筆記本都可以做。重復(fù)序列多時(shí)分析是困難些，50T內(nèi)存，倒顯得我孤陋寡聞了。
之前總有學(xué)員問(wèn)起宏基因組分析需要內(nèi)存多大，我說(shuō)300G起（尤其是Kraken1時(shí)，沒(méi)這么多內(nèi)存，數(shù)據(jù)庫(kù)索引都建不起來(lái)；當(dāng)然也取決于數(shù)據(jù)量，一臺(tái)幾十G內(nèi)存的電腦也可以完成宏基因組大部分分析）。學(xué)員去問(wèn)了其它知名博主，得到的回答是“你聽(tīng)錯(cuò)了，說(shuō)的應(yīng)該是300G硬盤(pán)”。那如果看到這個(gè)50T的內(nèi)存會(huì)怎么想呢？順手查了下，50T確實(shí)也不算高。比如天河2號(hào)共有1.4PB內(nèi)存。這樣看，倒是小巫見(jiàn)大巫了。
1000000 CPU*H應(yīng)該是100萬(wàn)CPU時(shí)間；假如是并行1000核，算一下需要41天 (1000000 / 1000 / 24 = 41.67)，我懷疑我算錯(cuò)了？
如果用天河2號(hào)就快了，312萬(wàn)個(gè)計(jì)算核心，也就是20分鐘的時(shí)間。
當(dāng)然天河2號(hào)還不是最快的，看看下面這個(gè)表
沙特也在前10，有錢(qián)真好！不過(guò)石油也確實(shí)是需要用到大型計(jì)算的地方。記得10多年前在中科院計(jì)算所上課時(shí)，高性能計(jì)算老師講過(guò)，（那時(shí)）國(guó)內(nèi)的超級(jí)計(jì)算機(jī)都在每天哭窮的中石油、中海油等手里。
看到大型機(jī)，想起來(lái)有次坐公交車(chē)遇到一位老先生，軍工做大型機(jī)的。聊起來(lái)，問(wèn)我做什么的？我說(shuō)做IT的（生物信息解釋起來(lái)有些麻煩）。老大爺說(shuō)工資應(yīng)該不錯(cuò)吧，有1萬(wàn)多吧？ 這就尷尬了，剛說(shuō)了做IT的就被問(wèn)到工資，不能給IT丟臉啊，打腫臉充胖子，沒(méi)有也不能承認(rèn)啊，心虛的點(diǎn)個(gè)頭，說(shuō)了句“差不多”。接著又被老大爺刺激了，“我們單位做IT的小伙比你多多了~~~”
往期精品(點(diǎn)擊圖片直達(dá)文字對(duì)應(yīng)教程)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
后臺(tái)回復(fù)“生信寶典福利第一波”或點(diǎn)擊閱讀原文獲取教程合集
