SpatialDB |單細胞空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化平臺
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。(單細胞轉錄組教程匯總)
單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年《Science》雜志評選的十大科學突破之首。
常規(guī)單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息?？臻g轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學、神經(jīng)生物學、免疫生物學、腫瘤微環(huán)境等領域的研究利器。（Nature重磅綜述 |關于RNA-seq，你想知道的都在這）
網(wǎng)站鏈接：http://159.226.118.31/CHTS/2019年11月12日，Nucleic Acids Research在線發(fā)表了中科院生物物理所高通量測序中心題目為“SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes”的論文，發(fā)布第一個單細胞空間轉錄組數(shù)據(jù)庫及數(shù)據(jù)在線可視化平臺。
SpatialDB系統(tǒng)收錄了來自5個物種由8種空間轉錄組技術產生的數(shù)據(jù)，建立了空間轉錄組數(shù)據(jù)分析處理流程，實現(xiàn)了空間轉錄組數(shù)據(jù)的在線可視化，同時提供了空間差異表達基因及其功能富集分析的注釋。
SpatialDB的開發(fā)工作主要由中國科學院生物物理研究所高通量測序中心完成。
該中心于2014年在陳潤生院士領導下成立，至今已累計為所內外數(shù)十個課題組和單位提供了超過1.5萬機時的高通量測序服務。除了提供常規(guī)測序服務之外，中心順應測序技術發(fā)展方向，不斷開發(fā)新技術新方法，努力建成創(chuàng)新型測序中心。中心建立并優(yōu)化了低起始量文庫制備、單鏈DNA文庫制備等實驗技術，開發(fā)了高通量測序數(shù)據(jù)分析和可視化新方法，申請發(fā)明專利2項，并已授權。為滿足研究所單細胞測序需求，中心近期引進了10x Genomics單細胞文庫制備系統(tǒng)，能夠提供21種單細胞測序服務。2019年9月10x Genomics公司推出了空間轉錄組測序服務，中心與10x Genomics中國代理公司建立合作，共同提供空間轉錄組技術服務。高通量測序儀價格昂貴且更新?lián)Q代速度快，長期被國外公司壟斷，為解決高通量測序儀“卡脖子”問題，中心于2019年初引進了國產高通量測序儀，在保證測序質量和產出量的同時，測序成本也降到了國外測序儀的水平。為了更好的提供高通量測序服務，中心舉辦了常規(guī)技術講座，對有特殊需求的用戶提供專門的技術支持。
中國科學院生物物理研究所陳潤生院士、陳小偉高級工程師為該文共同通訊作者。中國科學院生物物理研究所高通量測序中心范珍高級工程師為該文第一作者。感謝科學研究平臺韓玉剛主任和李雪梅副主任長期以來的幫助和支持。
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz934/5622703
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