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雖然西弗吉尼亞大學的研究人員看到了最新的官方ChatGPT插件——名為“代碼解釋器”（ Code Interpreter）的教育應用潛力，但他們也發(fā)現，對于使用計算方法處理針對癌癥和遺傳疾病的定向治療的生物數據的科學家來說，這款插件的使用存在限制。

“代碼解釋器是一項很有潛力的工具，特別是在教育領域，因為它使學生更易于接觸STEM領域的編程。”西弗吉尼亞大學醫(yī)學院微生物學、免疫學和細胞生物學系的助理教授，也是生物信息學核心的主任 Gangqing "Michael" Hu說：“然而，它并沒有提供生物信息學領域所需的所有功能。這些是可以通過技術改進來解決的問題。代碼解釋器在未來可能會擴展其應用領域，包括生物信息學、金融和經濟學等領域。”

自2022年12月發(fā)布以來，備受歡迎的人工智能聊天機器人ChatGPT引起了商業(yè)、教育和公眾的關注。然而，它并沒有完全滿足從事生物醫(yī)學研究，包括生物信息學這一交叉領域的需求，這些科學家迫切期待著OpenAI的代碼解釋器插件，希望它能填補這些空白。

Hu和他的團隊對代碼解釋器在各種任務中的表現進行了測試，以評估其特性。他們的研究結果發(fā)表在《Annals of Biomedical Engineering》上，結果顯示，這款插件在某些方面表現出色，但仍然存在一些限制。

例如，沒有科學背景的人可以通過代碼解釋器輕松接觸編程或計算機編程。Hu說，它還具有成本效益，并激發(fā)了學生探索數據分析的好奇心，提高了他們的學習興趣。他指出，用戶需要理解如何解讀數據，并識別結果是否準確，以及知道如何與聊天機器人互動。

生物信息學家依賴精確的編程、計算機軟件程序和互聯(lián)網訪問來存儲、分析和解釋用于現代醫(yī)學進步的生物數據，如DNA和人類基因組。

盡管需要對生物信息學進行特定的改進，Hu說，代碼解釋器有助于用戶確定答案的準確性，以及是否存在一種所謂的"幻覺"，即虛構的答案，這在一些情況下可能會誤導。。

“人們知道ChatGPT可以做許多令人印象深刻的事情，但它并不擅長提供引文或參考來支持其答案。如果被問及支持響應的來源，它可能會開始編造參考文獻。”Hu解釋說。“代碼解釋器提供了一個解決方案來最小化幻覺。對于可以通過編程解決的問題，代碼本身就可以作為源或引文。這是一個重要的進步。”

Hu的合作者包括來自西弗吉尼亞大學微生物學、免疫學和細胞生物學系的博士后Lei Wang；來自南達科他州立大學的Xijin Ge；以及來自亞利桑那州立大學的Li Liu。

該團隊發(fā)現代碼解釋器能夠將數據轉化為圖表和圖形的能力方面具備良好的效果。

對代碼解釋器的升級建議包括，提供互聯(lián)網訪問以下載基因組數據，安裝特定于生物信息學的軟件，擴大存儲能力，并支持更多的編程語言。此外，研究人員發(fā)現需要遵守HIPAA等隱私和安全應用法規(guī)。

在測試數據分析時，他們發(fā)現了一些限制。該插件僅支持一種計算機程序，Python （生信分析Python實戰(zhàn)練習 3 | 視頻21），且只支持一些專門用于生物信息學的軟件包。此外，它無法訪問互聯(lián)網上的數據，也無法處理大文件。這個繪圖功能是真的強大，生信麻瓜的 ChatGPT 4.0 初體驗

利用代碼解釋器作圖的三個例子

"它只允許處理大約100兆字節(jié)左右的文件，但我們處理的文件達到了千兆字節(jié)級別，"Hu說。"此外，它不支持大型數據集所需的并行處理，導致性能較慢。" Hu表示，盡管他預計代碼解釋器將會有更多的升級，但他計劃在明年的課程中使用該插件，以幫助學生了解數據可視化。"人工智能是一個快速發(fā)展的領域。我希望到那個時候，OpenAI可以克服一些限制，以便它可以用于廣泛的生物信息學編程。" 最后，Hu表示，他將繼續(xù)監(jiān)測和測試新的人工智能編程和功能，因為在這個領域仍然存在許多等待被發(fā)現的創(chuàng)新用途。

生信寶典：ChatGPT 給出提示和代碼后（偷個懶，用ChatGPT 幫我寫段生物信息代碼），大數據還是需要在本地跑，不然上傳下載的速度和分析占用的資源就太多了。

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