這些基因的名字太有才了,研究一下都可以發(fā)10分文章
2019/10/03 修改版:這篇剛發(fā)的時候,評論里有老師補充了3個fun gene names,這次添加在了文末的表格中。時間一直在走,一個月,六個月,十年,七十年,仿佛過了很多年,感覺卻只有一瞬間,新關(guān)注的朋友很多,所以想著做個“舊文新看 ”,之后也會有類似文章,歡迎各位評論,分享想法。
作為一個人的代號,名字既可以像朱元璋一樣突顯自我,也可以像朱重八一樣只是父母年齡疊加,基因名類似。雖然在生物研究尤其是基因項目中不斷有許多新基因出現(xiàn),但研究歷史可以追溯到孟德爾時期的基因直到1905年才正式有了gene的術(shù)語。為了更好的研究和描述基因的功能,基因名的確定一直為人津津樂道——一般遵從先發(fā)現(xiàn)先命名,由發(fā)現(xiàn)者決定,之后可能由各種緣由加成確定。
現(xiàn)在的基因名通常聯(lián)系一些突變表型,例如基因Callipyge(雙臀肌基因),在綿羊中發(fā)生突變的話,病變體臀部會變得肌肉結(jié)實,但也有僅描述實驗相關(guān)的名字,比如nBAF 45和BAF 47反映的是產(chǎn)品分子量的變化。另外,基因名大致可以分為四大類和十一子類。具體如圖:

描述如下:
M類:明確反映基因的潛在特征,有三個子集。
M-scientific:這是一個描述內(nèi)容最仔細(xì)的子類。雖然有時會出現(xiàn)奇怪的簡寫,但是本體意義一眼明了,比如熒光素酶-Luciferase(LRE),光產(chǎn)生器的生物成分名都有合起來是lucife的根,在拉丁語中是“光明使者”的意思,因此不難理解LRE。M-literal: 用通感、比喻等文學(xué)性語言修飾基因特性。例如基因Sonic Hedgehog(SHH)編碼產(chǎn)生Sonic hedgehog(Shh)分泌蛋白,介導(dǎo)脊索和底肋板之間信號傳導(dǎo)活動,從而導(dǎo)致蒼蠅胚胎病變,并長出類似棘刺的東西,和刺猬相像,而Sonic(競速游戲 刺猬索尼克)作為刺猬界的大佬在這里出現(xiàn)似乎合情合理。M-embed: 和M-literal一樣會采用類文學(xué)語言,但會相對嵌上一些流行文化、歷史或者文學(xué)因素,比如Spock基因發(fā)生突變時斑馬魚的內(nèi)耳會變成梨形,正像了星際迷航中的瓦肯星人,而強大的“混血”人Spock數(shù)年來一直為人追捧,出現(xiàn)這個名字是絕對的真實追星現(xiàn)場。

~M類:擁有三個大類并且名字完全不傳達(dá)基因個體本身信息,發(fā)生這種現(xiàn)象的原因多種多樣。
~M-nr:名字與基因潛在作用沒有任何相關(guān)性,來源多是生物學(xué)家們的奇思妙想。例如果蠅的yippee基因其實是根據(jù)一個研究生對克隆這個基因的自然反應(yīng)得到的。(yippee開心的意思,克隆出新基因,很高興的事情)~M-irrel:這個類別的名字縮寫呈現(xiàn)難以言喻的笑果(雖然和突變特征沒有絲毫關(guān)系),比如上圖中的基因RING(a really interesting new gene),它的結(jié)構(gòu)域是鋅指類型的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域,而許多含有RING finger的蛋白質(zhì)在泛素化途徑中起著相當(dāng)關(guān)鍵的作用,起這個名的人大概覺得這真的很有趣。(不過從另外一個角度,鋅指蛋白的結(jié)構(gòu)也像一枚戒子)~M-outside:由于外界施壓重生的名字,比如POKEMON(POK Erythroid Myeloid Ontogenic factor),是一種其他癌基因引發(fā)癌癥必需的癌轉(zhuǎn)換基因,但是有著Pokémon(寵物小精靈)特許經(jīng)營權(quán)的任天堂不希望與癌癥相關(guān),因此現(xiàn)在已經(jīng)變成了無聊的Zbtb7。
T類:多基因的命名轉(zhuǎn)變到其他領(lǐng)域
T-relation:除了保留名稱之間的內(nèi)部關(guān)系,特征關(guān)系也經(jīng)由整個系統(tǒng)傳達(dá)出來,尤其是還通過了轉(zhuǎn)換系統(tǒng)內(nèi)指定的名稱實現(xiàn),例如Grim and Reaper(死神)兩個基因相互作用時會減短蒼蠅的生命周期。T-norelation:名稱之間的任何內(nèi)部關(guān)系在應(yīng)用于基因時丟失,且名字的含義僅和整個轉(zhuǎn)換系統(tǒng)相關(guān)。
P類:P類有三個子集且和多基因命名相關(guān),在樣本規(guī)模大的生物命名法中很容易出現(xiàn)問題。**
P-clash:發(fā)生在屬于同系物但名字相互沒有關(guān)系的基因間,比如基因PKD 1(人)和基因LOV-1(蠕蟲)是同系物,基因相似但名稱之間完全沒有關(guān)系。P-confusion:不同基因具有相同名稱或者一個基因有多個名字都會讓人混淆,例如jolly基因(全名:腫瘤壞死因子受體亞家族,成員1B)又稱TNFR2、TNFBR、TNFR-75kD、TNFR-80 kD、p75TNFR、p75和CD120b。P-defunct:名字對應(yīng)的功能或特征被證實不符或容易產(chǎn)生誤導(dǎo)。如 對應(yīng)老鼠中同一基因的BAF45和BAF47,現(xiàn)在因為對產(chǎn)品分子量的矛盾估計已經(jīng)改叫Ini 1。
通過上面的基因名分類不難發(fā)現(xiàn)單基因名由于和實意聯(lián)系更容易產(chǎn)生趣味,這些歸功于科學(xué)家的幽默無與倫比,看看這些圖能猜到對應(yīng)的基因名字嗎?

圖1

圖2
圖3

圖4

圖5

圖6

圖7

圖8
對于其他的fun gene names 還有著以下介紹,讓我們一起看看還有哪些驚艷的基因名:
| Gene | 來源 | 圖 |
|---|---|---|
| Boss gene (Bride Of Sevenless) | 是果蠅復(fù)眼中R7細(xì)胞發(fā)育必須的蛋白Sevenless的配體,Boss因與其結(jié)合而得名?!胺蚱蕖焙献鞯慕Y(jié)果是蒼蠅視網(wǎng)膜上R8光受體神經(jīng)元可以誘導(dǎo)相鄰細(xì)胞并通過細(xì)胞接觸呈現(xiàn)R7細(xì)胞命運。 | |
| Brainiac(動畫片Pinky and the Brain里的聰明老鼠Brain) | 果蠅的這條基因變異會使得腦部發(fā)達(dá),正可以解釋遺傳性大頭 | |
| Cabernet, Chardonnay, and Riesling(紅葡萄酒,白葡萄酒,干白葡萄酒中的三種品牌) | 斑馬魚含這三種任意基因的話,血細(xì)胞量會低于正常值且顏色也會與酒的顏色映襯 | |
| Da | 擬南芥中控制植物種子和器官大小的基因。(跟我一起讀:大) | |
| Dracula(吸血鬼德古拉) | 斑馬魚中的突變體會對光敏感,暴露在光線下會出現(xiàn)幾種影響皮膚和內(nèi)臟器官的遺傳性疾病的癥狀。見光死的特性類似傳說中的吸血鬼 | 圖一 |
| Hamlet | 影響果蠅 IIB細(xì)胞后代細(xì)胞的發(fā)育,是決定了“To be or not to be‘’的基因界哈姆萊特。 | |
| hu-li tai shao (hts) | (跟我一起讀:護(hù)理太少, too little nursing) 和果蠅卵母細(xì)胞中ring canal的形成有關(guān),控制或編碼肌動蛋白結(jié)合蛋白的基因。 | |
| Indy (I’m Not Dead Yet) | 其功能與Kreb cycle的中間代謝產(chǎn)物之運送有關(guān),最開始的研究發(fā)現(xiàn)其突變體有更長的壽命,因此得此名。后來又有研究不太支持這一結(jié)論 | |
| Jordan element | 邁克爾喬丹,因為它具有跳躍簡單植物-團(tuán)藻的基因組的非凡能力。 | |
| Ken and Barbie(肯和芭比娃娃) | 該基因調(diào)節(jié)果蠅外生殖器發(fā)育,發(fā)生突變的果蠅沒有外生殖器,而關(guān)于芭比娃娃,只能說這想象力也沒誰了 | |
| LEUNIG和 SEUSS | 以漫畫家LEUNIG(用漫畫諷刺過澳洲的兒童保育服務(wù),作品探索精神和宗教信仰,帶有一定政治色彩)和SEUSS(兒童文學(xué)作家,政治漫畫家)命名的兩個擬南芥基因,大概兩人都對兒童發(fā)展有所影響,而這兩基因恰好共同作用調(diào)節(jié)花的發(fā)育 | |
| Maggie | 突變后發(fā)育停滯,像the Simpsons中十五年如一日的Maggie。(腦洞下如果取名字的是日漫迷得話大概得叫“Conan” | 圖二 |
| PENNYWISE | 以加州朋克搖滾樂隊命名的擬南芥基因,和POUND-FOOLISH基因一起發(fā)揮作用 | |
| Superman | 擬南芥基因,突變失活后花長出額外的雄蕊。Clark Kent是中等程度superman突變,Kryptonite抑制superman的功能。在DC漫畫中, superman和Clark kent都是超人,Kryptonite氪石,一種綠色結(jié)晶物質(zhì),可使超人衰弱和生病。 | 圖三 |
| Swiss Cheese | 突變體大腦中有洞,像瑞士奶酪! | 圖六 |
| Tinman | 突變體果蠅無心臟,來源于綠野仙蹤中的Tin man鐵皮人,缺少心臟 | 圖四 |
| Van Gogh(梵高) | 發(fā)生在兩個基因中的突變,突變成年果蠅的翅膀紋路兩極發(fā)展且形狀類漩渦,圖案就像梵高的《星夜》 | 圖五 |
| Wukong, Wujin, Wuneng | (跟我一起讀:悟空、悟凈、悟能)黃熱病蚊子中的轉(zhuǎn)座子元件,是微型反向重復(fù)轉(zhuǎn)座元件,可能與調(diào)控基因的進(jìn)化有關(guān)。 | |
| hERG (the human Ether-à-go-go-Related Gene) | 該基因突變的果蠅在乙醚麻醉處理后,它們的腿就開始顫抖,就像當(dāng)時流行的威士忌搖擺舞(Whisky A Go-Go) | |
| huluwa | 該基因定位于斑馬魚基因組第21號染色體,是一個母系來源的跨膜蛋白,可通過穩(wěn)定β-catenin信號誘導(dǎo)脊椎動物胚胎背側(cè)組織中心和體軸的形成,發(fā)生突變的斑馬魚突變體呈“葫蘆”形狀,是“葫蘆娃”本娃沒錯 | 圖七 |
| MHZ基因 | 該基因?qū)?yīng)于水稻乙烯反應(yīng)突變體“mao hu zi ”,名字大概起源于“Ma He Zhang ”(該突變體由中科院遺傳發(fā)育所張勁松課題組的馬彪老師摸索篩選得到),而想到“貓胡子”這樣的名字,大概兩位學(xué)者可能也是MHZ(萌漢子) | 圖八 |
還有哪些有趣的基因名字,歡迎留言討論。
文獻(xiàn)精讀
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