Visinets：一個(gè)可以讓你的信號(hào)通路圖動(dòng)起來(lái)的網(wǎng)站！
之前我們介紹過(guò)許多信號(hào)通路圖的查找和制作網(wǎng)站，但這些信號(hào)通路都有一個(gè)特點(diǎn)，他不具備動(dòng)態(tài)性，我們需要靠腦補(bǔ)來(lái)想這個(gè)基因激活了一個(gè)基因，抑制了另外一個(gè)基因，轉(zhuǎn)來(lái)轉(zhuǎn)去就繞暈了，有沒(méi)有一個(gè)網(wǎng)站能夠動(dòng)態(tài)展示這些信號(hào)通路的流向呢？
還真有一個(gè)，這就是今天推薦給大家的在線(xiàn)繪制信號(hào)通路的工具網(wǎng)站Visinets。
Visinets
網(wǎng)址：http://www.visinets.com/pathway/list
點(diǎn)擊左側(cè)的藍(lán)色按鈕就可以創(chuàng)建自己的信號(hào)通路圖了，右側(cè)則是網(wǎng)站已經(jīng)做好的信號(hào)通路圖，如果你只是在原有的基礎(chǔ)上進(jìn)行添補(bǔ)的話(huà)，可以找現(xiàn)成的信號(hào)通路圖進(jìn)行修改。
點(diǎn)擊進(jìn)入信號(hào)通路的畫(huà)板，我們可以看到上方和左側(cè)都有四個(gè)選項(xiàng)，分別是Species、Influence、Compartment和Labels。點(diǎn)擊上方的按鈕就可以畫(huà)出相應(yīng)的項(xiàng)目，點(diǎn)擊左側(cè)的按鈕就可以調(diào)整相應(yīng)的參數(shù)，比如influence中綠色箭頭代表促進(jìn)、紅色箭頭代表抑制等。
可以看出想用這個(gè)軟件畫(huà)出絢麗多彩的信號(hào)通路圖還是比較難的，需要調(diào)節(jié)很多參數(shù)，但是他的特色其實(shí)不在于畫(huà)，而在于動(dòng)，而且網(wǎng)站提供了常見(jiàn)的信號(hào)通路圖，我們只需要稍加利用，就可以產(chǎn)出我們需要的動(dòng)態(tài)信號(hào)通路來(lái)。
我們以EGFR信號(hào)通路為例。
可以看到EGFR信號(hào)通路涉及的基因和傳導(dǎo)流向已經(jīng)標(biāo)識(shí)出來(lái)了，如果我們需要在其中添加我們新發(fā)現(xiàn)的調(diào)節(jié)模塊，按照前面的操作即可。我們可以看到在左下角有一個(gè)播放按鈕，只需要點(diǎn)擊這個(gè)播放鍵，整個(gè)信號(hào)通路就流動(dòng)起來(lái)。
這樣的信號(hào)通路圖是不是就好多了，流動(dòng)起來(lái)更能吸引人。大家快去試試吧。
參考文獻(xiàn)：
Spychala J, Spychala P, Gomez S, Weinreb GE (2015) Visinets: A Web-Based Pathway Modeling and Dynamic Visualization Tool. PLoS ONE 10(5): e0123773. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0123773
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