百萬次使用的高顏值在線繪圖平臺ImageGP系列教程
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2024-09-07 21:00
在線平臺BIC (https://www.bic.ac.cn/BIC/#/, 點擊閱讀原文或百度搜索皆可訪問到)是 ImageGP的重構升級版，重構于2020年初。
該平臺采用配置文件快速部署工具、生成結果或結果報告。其繪圖和分析基于 R 語言(ImageGP 包, 在早期ImageGP腳本的基礎上重新進行了封裝， GitHub, Gitee)、Python 語言。
累積使用 70 萬余次（15 分鐘內(nèi)的多次使用只算作 1 次計數(shù)），引用千次！
左側導航目前包括：1. Professional plots in seconds; 2. Data transform and extraction; 3. Bioinformatics analysis; 4. Interactive visualization; 5. Resource.
1.1 功能部分
1.1.1 Professional plots in seconds
目前支持 16 種基本圖形，包括熱圖、箱線圖、富集分析泡泡圖、柱狀圖、火山圖、PcOA 分析、Venn 圖、直方圖、線圖等。每種圖根據(jù)復雜度不同，有數(shù)目不一的可調(diào)節(jié)參數(shù)，可組合出很多復合圖形。
1.1.2 Data transform and extraction
常見數(shù)據(jù)格式轉換，如寬矩陣轉長矩陣、長矩陣轉寬矩陣、合并矩陣、矩陣膨脹等功能。
1.1.3 Bioinformatics analysis
生物信息分析部分包括常見的分析工具如 WGCNA共表達網(wǎng)絡分析、LEfSe 特征物種鑒定、Limma 差異基因/物種分析、多序列比對、FASTA 處理、RNA 翻譯、正則匹配和空間關系等工具，更多工具也在不斷完善中。
1.1.4 Interactive view
這是最近嘗試的基于 D3.js 的交互式圖系列，目前只有進化樹展示和多序列比對展示，后面會陸續(xù)更新更多交互式圖。
1.1.5 Text and video tutorial
這里包括網(wǎng)站使用幫助、常用教程、經(jīng)典書籍、網(wǎng)址導航等內(nèi)容，正在陸續(xù)更新中。
Send error logs 再升級，提示信息更明顯。遇到報錯時直接點擊按鈕，發(fā)送錯誤信息，我們會對接處理。
（最開始按鈕上提示文字是 Send error log，有的用戶出錯了也不知道點，也有的用戶問點了會做什么。想了一下，確實沒表達清楚意思，沒把自己的完整意思都說出來，直說要發(fā)，沒說發(fā)了之后做什么。這也是常見問題，說話留一半，以后在開發(fā)工具時需要注意。）