在線WGCNA分析 (直接出交互式結(jié)果報(bào)告)
生物信息學(xué)習(xí)的正確姿勢
NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、高顏值在線繪圖和分析、轉(zhuǎn)錄組分析 (Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、單細(xì)胞測序分析 (重磅綜述:三萬字長文讀懂單細(xì)胞RNA測序分析的最佳實(shí)踐教程)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘(典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step))、批次效應(yīng)處理等內(nèi)容。
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關(guān)聯(lián)模式的系統(tǒng)生物學(xué)方法,可以用來鑒定高度協(xié)同變化的基因集, 并根據(jù)基因集的內(nèi)連性和基因集與表型之間的關(guān)聯(lián)鑒定候補(bǔ)生物標(biāo)記基因或治療靶點(diǎn)。
相比于只關(guān)注差異表達(dá)的基因,WGCNA利用數(shù)千或近萬個(gè)變化最大的基因或全部基因的信息識別感興趣的基因集,并與表型進(jìn)行顯著性關(guān)聯(lián)分析。一是充分利用了信息,二是把數(shù)千個(gè)基因與表型的關(guān)聯(lián)轉(zhuǎn)換為數(shù)個(gè)基因集與表型的關(guān)聯(lián),免去了多重假設(shè)檢驗(yàn)校正的問題。
具體見WGCNA分析,簡單全面的最新教程,這應(yīng)該是全網(wǎng)寫的最全面、透徹的,可以一步步理解原理并且跟著一步步操作的教程了。
但為了更進(jìn)一步簡化,我們在高顏值繪圖工具ImageGP上推出了在線WGCNA分析,操作簡單,參數(shù)豐富,結(jié)果交互,絕對是科研必備神器。如果要理解結(jié)果,也少不了上面那篇教程。
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找到WGCNA分析工具,輸入表達(dá)矩陣和表型信息(偷懶的方式是直接點(diǎn)擊Demo)

提交后等待片刻即可出結(jié)果

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