基于Salmon的轉(zhuǎn)錄組批量定量流程和差異分析
繼續(xù)前文：基于Salmon的轉(zhuǎn)錄組定量流程
循環(huán)定量多個(gè)樣品的表達(dá)量
整理樣本信息表，命名為sampleFile，內(nèi)容如下：
Samp conditions individual
untrt_N61311 untrt N61311
untrt_N052611 untrt N052611
untrt_N080611 untrt N080611
untrt_N061011 untrt N061011
trt_N61311 trt N61311
trt_N052611 trt N052611
trt_N080611 trt N080611
trt_N061011 trt N061011采用for循環(huán)進(jìn)行批量定量 (參考這個(gè)為生信學(xué)習(xí)打造的開源Bash教程真香?。?/a>，理解更多)：
for samp in `tail -n +2 sampleFile | cut -f 1`; do salmon quant --gcBias -l A -1 ${samp}_1.fq.gz -2 ${samp}_2.fq.gz -i genome/GRCh38.salmon_sa_index -o ${samp}/${samp}.salmon.count -p 4 >${samp}.salmon.log 2>&1; done &整理Salmon定量文件用于DESeq2差異基因鑒定
找到Salmon的輸出文件并壓縮起來(lái)，用于下載到本地進(jìn)行差異分析。
# 列出salmon的輸出文件
find . -name quant.sf
# 這個(gè)壓縮包下載解壓到本地
zip quant.sf.zip `find . -name quant.sf`./trt_N080611/trt_N080611.salmon.count/quant.sf
./trt_N061011/trt_N061011.salmon.count/quant.sf
./untrt_N61311/untrt_N61311.salmon.count/quant.sf
生成輔助文件，指出每個(gè)樣品對(duì)應(yīng)的自己的quant.sf文件，便于導(dǎo)入tximport包。
# 生成一個(gè)兩列文件方便R導(dǎo)入
# xargs接收上一步的輸出，按批次提供給下游程序作為輸入
# -i: 用{}表示傳遞的值
cut -f 1 sampleFile | xargs -i echo -e "{}\t{}/{}.salmon.count/quant.sf" >salmon.output
head salmon.output兩列文件
# Samp Samp/Samp.salmon.count/quant.sf
# untrt_N61311 untrt_N61311/untrt_N61311.salmon.count/quant.sf
# untrt_N052611 untrt_N052611/untrt_N052611.salmon.count/quant.sf獲得基因和轉(zhuǎn)錄本的對(duì)應(yīng)關(guān)系，獲取基因的表達(dá)量
# 如果沒(méi)有GTF文件，可以用其他文件，只需獲取轉(zhuǎn)錄本和基因名字對(duì)應(yīng)關(guān)系就可以
# 如果不知道對(duì)應(yīng)關(guān)系，也可以把每個(gè)轉(zhuǎn)錄本當(dāng)做一個(gè)基因進(jìn)行分析
# Trinity拼裝時(shí)會(huì)生成這個(gè)文件
# 注意修改$14, $10為對(duì)應(yīng)的信息列，
# tx2gene為一個(gè)兩列文件，第一列是轉(zhuǎn)錄本沒(méi)名字，第二列是基因名字。
sed 's/"/\t/g' genome/GRCh38.gtf | awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print "TXname\tGene"; if($3=="transcript") print $14, $10}' >GRCh38.tx2gene
head GRCh38.tx2gene轉(zhuǎn)錄本->基因
# TXname Gene
# ENST00000608838 ENSG00000178591
# ENST00000382410 ENSG00000178591
# ENST00000382398 ENSG00000125788
# ENST00000542572 ENSG00000125788至此就完成了基于Salmon的所有樣本基因和轉(zhuǎn)錄本的定量。然后下載sampleFile、GRCh38.tx2gene、salmon.output、quant.sf.zip文件到本地進(jìn)行下游分析。
具體差異基因鑒定可參考高通量數(shù)據(jù)中批次效應(yīng)的鑒定和處理 - 系列總結(jié)和更新。
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